في رحلة هي الأولى من نوعها، زار الرئيس عبدالفتاح السيسي دولة جيبوتي، ليكون أول رئيس مصري يزور هذا البلد الشقيق، بما تربطهما من علاقات قوية منذ سنوات طويلة واحترام متبادل، تهدف لتعميق الروابط السياسية والاقتصادية، وطرح رؤى مشتركة ممتدة. العلاقات السياسية العلاقة بين مصر وجيبوتي، مستقرة على كل المستويات الرسمية والشعبية، وتشهد تنسيقا مستمرا دائما على مستوى جامعة الدول العربية والاتحاد الإفريقي، ومنظمة التعاون الإسلامي، وشهدت العلاقات السياسية بين مصر وجيبوتي، تطورًا في عهد الرئيس عبدالفتاح السيسي، لاسيما خلال ترأس مصر للاتحاد الإفريقي عام 2019. في مارس 2015، زار الرئيس الجيبوتي إسماعيل عمر جيلة مصر، لحضور القمة العربية في دورتها ال26، استقبله الرئيس عبدالفتاح السيسي، وبحث الجانبان سُبل دعم العلاقات الثنائية بين البلدين. زيارة أخرى قام بها رئيس جيبوتي لمصر في ديسمبر 2016، حيث استقبله السيسي، وعكست الزيارة العلاقات المتميزة بين البلدين، حيث عُقدت مباحثات ثنائية معمقة تناولت سبل تعزيز مختلف جوانب العلاقات الثنائية بمشاركة الوزراء المعنيين من الجانبين، كما تمت مناقشة بعض القضايا الإقليمية والدولية ذات الاهتمام المُشترك. شارك الرئيس السيسي، في قمة ثلاثية عقدت في سبتمبر 2019، مع كل من إسماعيل عمر جيلة رئيس جمهورية جيبوتي، وأوهورو كينياتا رئيس جمهورية كينيا، على هامش اجتماعات الجمعية العامة للأمم المتحدة في نيويورك، وذلك تلبيةً لطلب جيبوتيوكينيا، انطلاقا من رئاسة مصر للاتحاد الإفريقي، وكذا العلاقات المتميزة التي تجمع مصر بكلٍ من الدولتين. وإبريل من العام ذاته، شهد إجراء الرئيس السيسي اتصالاً هاتفيًا بنظيره الجيبوتي إسماعيل عمر جيلة، عبر خلاله الرئيس عن تضامن مصر حكومة وشعبًا مع جيبوتي، في مواجهة أثار الفيضانات التي شهدتها البلاد مؤخرًا، مشددًا على استعداد مصر لإرسال مساعدات طبية وإغاثية، لدعم الجهود الوطنية الجارية في هذا الشأن. التعاون الاقتصادي بلغ حجم التبادل التجارى بين البلدين حوالى 20 مليون دولار فى عام 2009، ومن المقرر أن يصل هذا الرقم إلى 450 مليون دولار، بعد اكتمال إنشاء مصنع للأسمنت ومنتجعا سياحيا هناك. ارتفع حجم التبادل التجاري بين مصر وجيبوتي، ليسجل 48.01 مليون دولار خلال 2018، مقابل 37.99 مليون دولار خلال 2017، وفق تقرير صادر عن إدارة الدول والمنظمات الأفريقية ووحدة الكوميسا بجهاز التمثيل التجاري. وأوضح التقرير، أن الصادرات المصرية إلى جيبوتي ارتفعت لتسجل 40.88 مليون دولار خلال 2018، مقابل 33.99 مليون دولار خلال 2017، وأشار التقرير إلى ارتفاع الواردات المصرية من جيبوتي لتسجل 7.13 مليون دولار خلال 2018، مقابل 3.99 مليون دولار خلال 2017. جرى توقيع عدد من مذكرات التفاهم بين البلدين منها الاشتراك في المعارض والأسواق الدولية، وقعها وزير التجارة والصناعة، ومذكرة بين هيئة قناة السويس وهيئة موانئ جيبوتي، ومذكرة تفاهم في مجال الصحة والدواء.
