وجهت كتائب شهداء الأقصى، التابعة لحركة «فتح» الفلسطينية رسالة إلى مقاتليها، دعتهم فيها للوقوف إلى جانب الشعب الفلسطيني في القدسالمحتلة وقطاع غزة والضفة الغربية والداخل. وقالت الكتائب في بيان: «انفروا للدفاع عن شعبنا الثائر في القدسوغزة والضفة والداخل»، مضيفةً: «لا تتركوا قطعان المستوطنين وجنود الاحتلال يهنؤون إذا لم يهنأ شعبنا». ودعت الكتائب عناصرها إلى التصعيد في وجه المستوطنين الموجودين في الضفة، حيث جاء في البيان «اجعلوا طرقات المستوطنين ومعسكرات الاحتلال في الضفة جحيما لا يطاق». ونظمت كتائب شهداء الأقصى لأول مرة منذ 16 عاما مسيرة في شوارع رام الله، حيث رفع عناصرها أسلحتهم وأطلقوا النار في الهواء. وخلال سنوات الانتفاضة الثانية، لعبت كتائب شهداء الأقصى دورا مركزيا في العمل العسكري الفلسطيني، كما شكلت تلك التجربة إجابةً واضحةً لقواعد «فتح» حول طبيعة انخراطهم ومشاركتهم في الانتفاضة. ومنذ انطلاق الانتفاضة، تفاعلت قواعد «فتح» الشعبية معها بشكل إيجابي، وانعكس ذلك على طبيعة المشاركة في المظاهرات الجماهيرية، وهجمات مُنتسبي الأجهزة الأمنيّة، ومعظمهم من كوادر «فتح»، ضد الأهداف الإسرائيلية. ومع ذلك، لم يتبلور تنظيم عسكري يوازي التنظيمات العسكرية للفصائل الفلسطينيّة الأخرى، مما دفع قواعد حركة «فتح» والقيادات المحليّة والمناطقيّة والمرتبطة بالقواعد الجماهيرية فيها، إلى تشكيل خلايا مُسلحة محليّة والمشاركة في الانتفاضة، وذلك بدعم وتغطية من مرجعيات تنظيميّة مثل مروان البرغوثي، مسؤول اللجنة الحركيّة العليا في الضفة الغربية، وثابت ثابت أمين سر التنظيم في طولكرم، وبدرجةٍ أقل حسين الشيخ، أمين سر حركة «فتح» في الضفة حينها. وجرى الاتفاق على تسمية «كتائب شهداء الأقصى» بين قادة «فتح» العسكريّين في غزة والضفة، بعد أن راج الاسم في الضّفة عبر بعض البيانات التي أصدرتها خلايا محليّة هناك، وذلك رغم نيّة الرئيس ياسر عرفات في حينه أن تكون التسميّة «لواء العاصفة». ومنذ تلك اللحظة، انخرطت معظم قواعد حركة «فتح» العسكريّة في مجهود قتالي واسع ضد العدو الإسرائيلي، ونفذت مئات العمليات العسكرية، حتى أصبح التنظيم في المرتبة الثانية بعد «كتائب القسام» من حيث الجهد العسكري، وإيقاع الخسائر البشرية في صفوف العدو، وذلك بنسبة بلغت 18.4% من مجموع قتلى الاحتلال خلال الانتفاضة.
