عقب تنصيب داعش لزعيمها كخليفة للمسلمين، أعادت تشكيل هيكلها الهرمى، الذى أصبح على رأسه أمير التنظيم أبوبكر البغدادى، وهو إبراهيم عواد إبراهيم البدرى السامرائى أو المعروف ب«أبوبكر البغدادى» الذى من سلطاته تعيين أمراء التنظيم وقياداته، كما يستطيع إصدار الأوامر للمجلس العسكرى ونقض أى قرار لا يوافق عليه. ووفقاً لما ورد بموقع شبكة «شموخ الإسلام»، المقربة من تنظيم داعش، فإن «البغدادى» بعد تنصيبه خليفة عيّن عدداً من الولاة، هم: ولاية بغداد، أبوميسرة أحمد عبدالقادر الجزاع، كما يتولى الأنبار أبومهند لطيف حميد السويداوى. وجعل البغدادى للحدود مع تركيا والياً هو أبوجرناس رضوان طالب حسين إسماعيل الحمدونى، ويتولى ما يسمى بولاية الفرات والجنوب الأوسط أبوفاطمة أحمد محسن خلف الحبيشى، كما يتولى ولاية كركوك أبوفاطمة نعمة عيد نايف الجبورى، أما ولاية صلاح الدين فيتولاها أبونبيل وسام عيد زيد الزبيدى. ول«داعش» عدد من النواب والمسئولين عن بعض الهيئات، ومنهم: نائب أمير داعش، منسق أمور الولايات، فاضل أحمد عبدالله الحيالى، ومسئول الضيافات ونقل الانتحاريين، عبدالله أحمد المشهدانى أبوالقاسم، والمنسق العام لبريد الولايات محمد حميد الدليمى، الملقب ب«أبوهاجر العسافى»، وهو الذى يختص بالتنقل بين كل الولايات التابعة ل«داعش»، وينقل الأوامر البريدية. أما مسئول وزارة المالية والتمويل فهو موفق محمد صلاح الكرموش الملقب ب«أبوصلاح». ويتولى وزارة الداخلية، ومسئولية الأمن العام عبدالواحد خضير أحمد المكنى ب«أبولؤى»، أما رئيس مصلحة سجون «داعش» والمقبوض عليهم من الطوائف الأخرى لديها، وتنفيذ الأحكام، فهو أبومحمد بشار إسماعيل الحمدانى. وعيّن «البغدادى» مسئولاً للإدارة العامة، وهو العراقى أبوعبدالله شوكت كلاش الفرحات، فيما ولى مسئولية التفخيخ والانتحاريين ل«أبوكفاح خيرى محمود»، كما ولى مسئولية الكفالات وشئون الأرامل وعوائل الشهداء من داعش إلى «أبومحيى عوف عبدالرحمن العفرى»، أما مسئول المخازن والغنائم، فهو أبوشيماء فارس رياض النعيمى. ول«داعش» هيئات ومجالس، أولها هو المجلس العسكرى الذى يرأسه أبوأحمد العلوانى، واسمه الحقيقى وليد قاسم محمد، وهو بمثابة وزير الدفاع، الذى تولى منصبه عقب مقتل «أبوحمزة المهاجر». ويعاون العلوانى 3 أعضاء آخرون، مهمتهم التخطيط وإدارة القادة العسكريين. «البغدادى» هو من يختار رئيس المجلس العسكرى بعد استشارة مجلس الشورى. ول«داعش» مجلس شورى يرأسه «أبوأركان العامرى»، يتراوح عدد أعضائه بين 9 و11، أغلبهم من دول عربية، وأعضاء سابقين فى تنظيم القاعدة، و«البغدادى» هو من اختارهم بنفسه ليقودوا التنظيم. ومجلس الشورى هو من يختار الولاة وأعضاء المجلس العسكرى، ويستطيع عزل أمير التنظيم (البغدادى)، بعد أن يكون هناك إجماع على ذلك من أعضائه. ويلى مجلس الشورى فى الهيكلة التنظيمية، مجلس الأمن والاستخبارات الذى يتولى مسئولية توفير أماكن إقامة البغدادى وتحديد مواعيده وتنقلاته. ويشرف مجلس الأمن على تنفيذ أحكام القضاء وإقامة الحدود على المرتدّين، وفق تعبير التنظيم، وعلى حماية التنظيم من الاختراق. كما توجد فى التنظيم هيئة الإعلام التى تحولت إلى وزارة الإعلام بعد ذلك ويرأسها أبومحمد العدنانى المتحدث الرسمى باسم التنظيم، ويتبعه مؤسسة إعلامية يرأسها أبوالأثير عمرو العبسى، الذى يتولى مهام الإعلام الإلكترونى والمواقع الجهادية. أما ما يسمى بالهيئات الشرعية فيرأسها أبومحمد العانى، وهى الهيئات التى تتولى أمر القضاء، والحكم على المرتدين، والفصل بين الخصومات، وإقامة الحدود، والأمر بالمعروف والنهى عن المنكر. وعقب تنصيب أبوبكر البغدادى كخليفة، أنشأ التنظيم وزارة الإرشاد والتجنيد والدعوة، التى يرأسها «أبوعلى الأنبارى» الضابط السابق فى الاستخبارات العراقية ومعه 3 أعضاء كانوا من ضباط استخبارات نظام صدام حسين.
