أثارت موافقة لجنة الخمسين المكلفة بتعديل الدستور، على المادة 54، التى تحظر تأسيس أحزاب على أساس دينى، جدلاً حول مصير الأحزاب ذات المرجعية الإسلامية، خصوصاً من تورط من قياداتها فى أحداث عنف، وأبرزهم الحرية والعدالة وحلفاؤه من أحزاب الأصالة والفضيلة والوطن السلفيين، والبناء والتنمية، التابع للجماعة الإسلامية، والحزب الإسلامى، التابع لتنظيم الجهاد، كما يوجد حزب النور السلفى، الذى يرى أن هذه المادة لا تنطبق عليه لأنه ليس حزباً دينياً. أما «الإخوان وحلفاؤهم»، فيرفضون المادة 54، ويقولون إنهم ليسوا أحزاباً دينية، لكى تنطبق عليه هذه المادة ويتم حظرهم. ويرى قانونيون، أنه على الأحزاب الدينية توفيق أوضاعها بعد إقرار الدستور الجديد، وأنه فور الموافقة على استفتاء الدستور، سيتم حظر هذه الأحزاب، فيما يقول خبراء أمنيون، إن الأحزاب الدينية ستعود للعمل السرى بعد حلها وفق الدستور، وإن الإحباط واليأس سيدفعهم للعنف، فى ظل بيئة خصبة لنمو الإرهاب.