مثير للجدل أينما حل، هو فى خصومة مع السلفيين وأهل السنة والشيعة والجهاديين، يرونه مجدداً مشككاً مثيراً للقلاقل بفتواه وآرائه، يصعب تصنيفه، البعض يعتبره إمام الوسطية، والكثيرون يرونه إمام السلطان. إخوانى حتى النخاع، رفض كرسى المرشد عدة مرات، من أجل الجماعة أمضى سنين من حياته فى غياهب السجن، الاخوان فى عقيدته هم أهل الاسلام، أعدائهم يعادون الدين، ويخشون أن تضرب الجماعة قيودًا على ملذاتهم وشهواتهم المحرمة من الخمر والميسر والنساء ، "يوسف أعرض عن هذا". ولأن الأساس فى الفتوى هو الاجتهاد، فهو كسائر العلماء يصيب ويخطيء، لكن أخطاء رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين لا تمر مرور الكرام، هو صاحب الفتاوى ضد النظام السورى والمحرض على قتل القذافي، والمحفز لأهمية التصدي للمد الشيعي، وهو نفسه الساكت عما اقتُرِف في البحرين وانتُهك في السعودية وارتُكب في بقية دول الخليج، الشيخ القطري الجنسية، المصري الأصل، تأتى فتواه مشابهة لسياسات بن حمد"وقال الملك ائتوني به أستخلصه لنفسي". يدفع ثمن معاركة بشجاعة، فهو الممنوع من دخول أغلب الأقطار العربية، معاركة على مستوى الرؤساء والملوك، علاوة على فرنسا وبريطانيا، أفتى القرضاوى بجواز الاستعانة بقوات الناتو لتحرير البلاد، وحرم كبير العلماء الذي هرول إلى أفغانستان لمنع هدم تمثال بوذا زيارة القدس مادامت تحت الاحتلال الصهيوني ، الأزهرى الذي اقتدى بابن تيمية والبنا والغزالي، جرم زيارة مفتى الديار. كتب عنه العراقي أحمد مطر: مَولانا الطّاعِنُ في الجِبْتِ عادَ لِيُفتي: كُلُّ الإرهابِ "مُقاومَةٌ" إلاّ إن قادَ إلى مَوتي! نَسْفُ بُيوتِ النّاسِ "جِهادٌ" إن لَمْ يُنسَفْ مَعَها بَيتي! أبصُقُ يومَ الجُمعةِ فَتوى، فإذا مَسَّتْ نَعْلَ الأقوى.. أَلحسُها في يومِ السَّبتِ". خلال مشواره الطويل، شغل العلامة مساحة وسطا بين الاجتهاد واتباع النص، فخلق حراكا فى الماء الراكد، واستطاع التغلب على عقبات كثيرة كانت تودى بمصداقيته الواسعة فى كل أرجاء العالم الاسلامى، حتى أنه يصنف أحيانا بالمرشد "الفضائي" لجماعة الاخوان فى كافة الاقطار العربية، لعل أشد تلك الازمات كونه المفتى "الرسمي" لشركات توظيف الأموال التى ازدهرت فى مصر فى حقبة الثمانينات أشهرها السعد والريان، ليزج باسمه بعد ذلك كأحد ملاك أحد أكبر البنوك الاسلامية، ومع اتساع السعي القطري للعب دور ريادى فى المنطقة، بات القرضاوى محسوبا على النظام القطري، كآداة دينية تتوجه وفق "بوصلة" أمير قطر.