استنكر الكاتب يوسف زيدان ما احتواه خطاب الرئيس من أخطاء تاريخية وعلمية كارثية، كالخطأ في نسب اكتشافات إلى أصحابها، أو الحديث عن اشتغال أحد العملاء بعلم لم يشتغل به، ناصحا إياه بإبعاد "كاتبها الجاهل" عنه، بحسب وصفه. وقال زيدان، في رسالة وجهها للرئيس عبر صفحته الشخصية على "فيسبوك"، إنه "ما كان لك، وأنت رئيس مصر، أن تُلقى بالكلمة المليئة بالأخطاء، التى كُتبت لك لتقرأها فى حفل حصولك على الدكتوراه الفخرية من باكستان. وأرى أنه لابدّ من إبعاد كاتبها الجاهل عنك، كيلا يتكرّر منك مثل هذا. وبالطبع، فأنتَ لستَ متخصّصاً فى تاريخ العلم، و لكن الأخطاء التى وردت فى كلمتك أمام علماء باكستان كانت شنيعة، ولا يخفى خطؤها على أي قارئ عام أو مثقف متوسط الحال". وعدد زيدان بعض هذه الأخطاء، كنسب الرئيس محمد مرسي في كلمته للبيروني اكتشاف الدورة الدموية الصغرى، وقال "البيروني، الذي نطقت اسمه بطريقة خاطئة بتسكين الياء التى بعد الباء، لم يكتشف الدورة الدموية الصغرى، ولم يسمع بها. الذى قام بذلك هو "ابن النفيس" الذى اكتشف الدورتين، الكبرى والصغرى، وقد قام بذلك فى مصر بعد زمن البيروني بعدة قرون من الزمان"، حسب ذكر زيدان. كما أضاف زيدان في رسالته أن البيروني "لم يشتغل بالفلسفة مثلما زعمتَ فى كلمتك، وكان متخصّصا فى علوم أخرى، والكتاب الذى امتدحه فيه "جورج سارتون" عنوانه : مقدمة فى تاريخ العلم ! وليس كما قلتَ أنت "فى مقدمة كتابه: دراسة فى تاريخ العلم". وأشار زيدان إلى أن "ابن الهيثم" الذي وصفه الرئيس بأنه مؤسس علم التشريح "برز فى الهندسة والبصريات، وليس له إسهام فى الطب ولا التشريح"، وجابر بن حيان لم يؤسس علم الكيمياء كما قال الرئيس في كلمته "فقد كانت الكيمياء معروفة من قبله بقرون عند اليونان والإسكندرانيين والعرب المسلمين"، وأضاف "وابن خلدون، يا رئيس مصر، لم "يُعرّف علم الاجتماع" مثلما قُلتَ فى كلمتك، وإنما ابتكر ما أسماه "علم العمران البشرى" الذى رأى بعض الدارسين أنه كان مقدمة لعلم الاجتماع الذى أسّسه أوجيست كومت وإميل دوركايم وآخرون". واختتم زيدان رسالته بأن ما دفعه لكتابتها هو غيرته على سمعة مصر "ولستُ بحاجةٍ إلى تأكيد أننى ما اهتممتُ بإهداء عيوبك إليك، إلا غيرة على اسم هذا البلد".