جدد الدكتور جورج حبيب بباوي مدير معهد الدراسات اللاهوتية بولاية إنديانا الأمريكية، وأستاذ اللاهوت السابق بالكلية الإكليريكية الأرثوذكسية بالقاهرة، المحروم من الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، هجومه على الأنبا بيشوي، مطران كفر الشيخ ودمياط للأقباط الأرثوذكس، في دراسة أصدرها تحت عنوان :"هجوم الأنبا بيشوي على أساسات المسيحية الأرثوذكسية". واتهم بباوي، في الدراسة الأنبا بيشوي بأنه لم يدرس في أي معهد لاهوتي أرثوذكس أو غير أرثوذكسي، كما أنه لم يدرس التاريخ الكنسي، ولاكتابات آباء الكنيسة، لا سيما أثناسيوس الرسولي وكيرولس عمود الدين، وأنه لم يستلم الإيمان المودع في حياة وصلوات الكنيسة الأرثوذكسية، ولم يدرس الكتاب المقدس، وبالذات أسفار العهد الجديد، وأنه يعيش على تراث سماعي سمعه من الراحل الأنبا شنودة الثالث، وهو تراثٌ غير موثق بالمرة. وأضاف بباوي: "أنه بالرغم من ذلك تولي الأنبا بيشوي مسؤوليات أكبر منه بكثير؛ لأنه كان شديد الولاء للبطريرك الراحل الأنبا شنودة، وأن الخلاصة التي انتهي إليها نتيجة خبرة ال40 سنة الماضية هي أن الاختلاف عند البابا شنودة والأنبا بيشوي هي حرب وعداء، وليس حوار من أجل الوصول إلى ما هو مشترك وواضح، ولا هو حتى بحثٌ عن خلاف". وتابع بباوي: "الأنبا شنودة درس في مهمشة وأخذ ما استطاع أن يأخذه عن الدكتور وهيب عطا الله والقمص متى المسكين، ثم انفصل عنهما، وحارب كليهما بلا هوادة بعد أن أصبح بطريركا، وتحول الاختلاف عنده إلى عداء علني نُشِرَ في مقالات في مجلة الكرازة، ثم تحولت المقالات إلى كتاب بدع حديثة، ورغم الردود التي نُشرت على ما جاء بالكتاب إلا أن البابا شنودة لم يتراجع أو يعترف بالخطأ، ذلك لأن التراجع والاعتراف بالحق هو من شيمة الرجال فقط، وليس ما يسعى إليه طالبوا الزعامة والسيطرة على عقول الناس وضمائرهم، وهو ما يخلق فيهم التعنت ورفض الحق ونشر الكراهية والعداء وجمع الأتباع وإشاعة الفرقة".
