حذر عدد من الخبراء والمحللين السياسيين من امتداد سيناريو "أخونة الدولة" الى وزارة الخارجية والدبلوماسية المصرية، مؤكدين ان اخونة السياسة الخارجية لمصر تمثل خطرا كبيرا على الدولة وتؤدي الى تخبط وتضارب في كثير من مواقفها تجاه القضايا المثارة على الساحة الاقليمية والدولية. وفي هذا الإطار قال الدكتور طارق فهمي، أستاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة والخبير بمركز دراسات الشرق الأوسط، أن هيمنة الإخوان المسلمين على مؤسسات الدولة مرتبطة بعاملين مهمين أحدهما المهنية والكفاءة والآخر هو عدم الثقة في تلك المؤسسات، وأشار إلى أن الإخوان حاولوا الابقاء على شخص وزير الخارجية المصري كشخصية معتدلة، والإستعانة بعصام الحداد، مستشار الرئيس للشئون الخارجية، الذي ينظر إليه كوزير خارجية مقرب من الرئاسة. وحذر فهمي من خطورة نجاح الإخوان في الإستعاضة عن مؤسسات الدولة ووزرائها بآخرين ينتمون إلى جماعة الإخوان المسلمين أو إلى فكرها، حيث ستتضارب القرارات والمواقف التي تصدر عن الحكومة المصرية ، وضرب مثالا لذلك قائلا أن قضية شائكة مثل العلاقات المصرية - الإيرانية والتى تضاربت فيها الأقوال من مؤسسة الرئاسة ووزارة الخارجية المصرية، حيث قال الحداد كممثل للرئاسة أن العلاقات المصرية الإيرانية في تحسن وأن الرئاسة تعمل على تحسينها وبحث سبل التعاون. في المقابل صرحت وزارة الخارجية بأنه لا عودة للعلاقات مع إيران، وهذا التضارب في التصريحات والازدواجية في القرارات يحمل مصر الكثير من المشكلات والتطرق إلى التكذيب المتكرر مما يؤدي إلى إفساد العديد من العلاقات المصرية الخارجية. ورأى محمد عباس ناجي، الباحث بمركز الأهرام للدراسات السياسبة والإستراتيجية، أن تكرار إسناد العديد من الملفات والقضايا الخارجية لعصام الحداد ، مستشار مرسي، يدل على عدم ثقة الرئاسة في مؤسسات الدولة مما يجعلها تلجأ إلى تمكين قيادات وأفراد من الإخوان لبعض المؤسسات والإستعاضة عن بعض الوزارات بكوادر اخوانية كمستشاري الرئيس المنتمين لجماعة الإخوان المسلمين وفي مقدمتهم الدكتور عصام الحداد الذي بدى واضحا أن الرئيس مرسي استعاض به عن وزير الخارجية. وأكد ناجي صعوبة اختراق الاخوان لوزارة الخارجية، مما جعلهم يلجأون إلى محاولة إيجاد بديل ممثلا لرأيهم.
