أقام خالد على المحامى والمرشح السابق لرئاسة الجمهورية دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، طالب فيها بإلزام الدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية بتعديل صيغة حلف اليمين القانونية لرئيس وأفراد جهاز المخابرات العامة، وحذف ما يتضمنه اليمين من عبارة "أن يكون ولائي كاملاً لرئيس الجمهورية ولجهاز المخابرات العامة". واختصمت الدعوي التي حملت رقم 3625 لسنة 67 قضائية رئيس الجمهورية، مشيرة إلي أن صياغة حلف اليمين مخالفة للقانون ومبادئ الشريعة والدستور، فالولاء لا يكون للأشخاص مهما كانت مراكزهم، ولا للأجهزة مهما كانت أدوارها وإنما للوطن وللشعب ومصدر السلطات. وأشار علي في دعواه "إن حلف اليمين مخالف لقانون المخابرات العامة رقم 100 لسنة 71 الذى نصت المادة الثالثة منه على اختصاص المخابرات العامة بالمحافظة على سلامة وأمن الدولة والحفاظ على كيان نظامها السياسى، وذلك لوضع السياسة العامة للأمن وجمع الأخبار وتجميع معلومات لسلامة الدولة ومد رئيس الجمهورية ومجلس الدفاع الوطنى وهيئة المخابرات بجميع احتياجاتها وتقديم المشورة والتوصيات اللازمة لها، وهذا يعنى أن جهاز المخابرات هو هيئة مستقلة لها اختصاصاتها". كما أضاف أن النص مخالف للإعلان الدستوري الصادر فى 30 مارس الذى تضمن حلف اليمين للمناصب العليا للبلاد بما فيها رئيس الجمهورية بعبارة "أقسم بالله العظيم أن أحافظ مخلصًا على النظام الجمهوري وسلامة الوطن وأن أرعى مصالح الشعب وأن أحترم الدستور والقانون وأن أحافظ على سلامة الوطن وسلامة أراضيه". وطالب خالد علي، اللواء محمد رأفت شحاتة عبد الواحد الذي تم تعيينه فى 19 سبتمبر 2012 رئيسًا لجهاز المخابرات العامة للدولة، بإعادة حلف اليمين من جديد أمام رئيس الجمهورية بعد حذف هذه العبارة. يذكر أن طريقة أداء اللواء محمد رألإت شحاتة عبد الواحد لليمين القانونية أمام الدكتور مرسي في 19 سبتمبر 2012 كرئيسًا لجهاز المخابرات العامة للدولة، قد أثارت استياء عدد كبير من المواطنين بسبب قسمه علي الولاء لرئيس الجمهورية وليس للوطن.