عندما توفت السيدة نفيسة بنت الحسن بن زيد بن الحسن بن على بن أبي طالب، عزم زوجها أن يدفنها فى المدينةالمنورة، وعندما علم أهل مصر بذلك توسلوا إلي والي مصر في ذلك الوقت عبد الله بن السري بن الحكم، وطالبوا أن يتم دفنها في مصر وعرضوا عليه الأموال، ولكن زوج السيدة نفيسة رفض، ولكنهم تفاجأوا في صباح اليوم التالي يستجيب لهم، وعندما سألوه قال: ": رأيت الرسول صلى الله عليه وسلم وهو يقول لي رد عليهم أموالهم وادفنها عندهم". وأمر عبد الله بن سري والي مصر، ببناء قبر السيدة نفيسة ، في درب السباع، ويقع في بداية الطريق المسمى طريق أهل البيت، والذي يبدأ بمقام زين العابدين وينتهي بمشهد السيدة زينب بنت علي مرورا بالسيدة نفيسة والسيدة سكينة بنت الحسين والسيدة رقية بنت علي بن أبي طالب وسيدي محمد بن جعفر الصادق والسيدة عاتكة عمة الرسول محمد عليه الصلاة والسلام وعلى آله الكرام، وكان ذلك قبل الدولة العباسية.
ثم أعيد بناء الضريح في عهد الدولة الفاطمية، وتم تصنيع قبة للضريح وعلى لوح من الرخام بجوار باب الضريح تم تدوين تاريخ العمارة وتبين اسم الخليفة الفاطمي المستنصر بالله وألقابه، ثم في عهد الخليفة الفاطمي الحافظ لدين الله بعد أن حدثت فيها بعض التصدعات والشروخ، تم اعادة بناء القبة مرة أخري، وتم كساء المحراب بالرخام سنة 532ه (1138م)، ثم أمر السلطان الناصر محمد بن قلاوون أن يتولى نظارة المشهد النفيسي الخلفاء العباسيون.
وتم تجديد الضريح في العصر العثماني، واصبح بهيئته التي هو عليه الأن، وبجوارة المسجد وصمم له مدخلين، للرجال واخر للنساء، وتم فرشة من الداخل بالرخام الفاخر، وفي داخل المسجد ممر طويل يصل إلى المقام الشريف، وفي هذا الممر يوجد لوحات في حب أهل البيت، وبعض الأشعار الرائعة في مدح أهل البيت، كما جُددت المقصورة النحاسية الموجودة بالضريح في عهد والي مصر عباس الأول.
