رفضت قيادات كنسية بارزة التعليق على ما نشرته صحيفة "هاآرتس" الإسرائيلية حول فتح إسرائيل أبوابها أمام هجرة أقباط مصر إليها، ووصول نحو 237 أسرة قبطية لتل أبيب لتقديم أوراقهم باللجوء بحجة تعرضهم للاضطهاد داخل مصر. وقال المصدر - الذى تمسك بعدم ذكر اسمه-: لسنا جهة إحصاء ولا نملك بيانات الخارجين من مصر أو العائدين إليها، مشددا على أن الكنيسة كيان روحى وديني ووطني فى المقام الأول ويرفض التطبيع مع إسرائيل ، مشيرا إلى قرار الكنيسة بحرمان الأقباط المسافرين لزيارة كنيسة القيامة بالقدس، من طقس التناول، وهو أحد الطقوس الدينية الهامة بالمسيحية، وبالتالي فالكنيسة ترفض لجوء الأقباط إلى إسرائيل. ولم تستبعد مصادر أخرى لجوء الأقباط إلى إسرائيل فى ظل الأزمات التي يواجهونها بعد وصول التيار الإسلامي للحكم. وأكد الدكتور القس أندريه زكى نائب رئيس الطائفة الإنجيلية في مصر، رفض الكنيسة الإنجيلية للتطبيع مع إسرائيل بأي صورة طاما لم تحل القضية الفلسطينية على أساس عادل. وأشار إلى أن الكنيسة الإنجيلية لا تصدر أحكاما على المنتسبين إليها حتى وإن خالفوا، فلكل فرد حريته فيما يفعل، ولكن موقف الكنيسة الثابت هو رفض التطبيع مع إسرائيل. وقال الدكتور نجيب جبرائيل رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان: انه من غير الملائم للأقباط أن تهاجر أسر قبطية إلى إسرائيل لا سيما وان هناك حظرا كنسيا على الأقل على سفر الأقباط إلى القدس لمجرد التقديس، مؤكدا في بيان له على أن حرية التنقل والسفر والهجرة هي حقوق مكفولة بموجب إعلانات حقوق الإنسان العالمية وكافة الدساتير والقوانين . واشار إلى أن هناك أكثر من عشرة الأف مصري مسلمون وأقباط يعملون منذ سنين طويلة داخل إسرائيل ، وبالتالي لا يمكن أن نسلط الضوء بالغمز واللمز على بعض الأسر القبطية التي هاجرت إلى إسرائيل مؤخرًا .
وأضاف البيان أننا لا نلوم في ذلك سوى الدكتور مرسى الذي لم يتخذ من الإجراءات الدستورية والقانونية ما يعطى للأقباط حقوقهم كمواطنين وينزع عنهم ما ينتابهم من خوف وتهديد فى ظل حرق الكنائس والاعتداء على ممتلكاتهم واختفاء بناتهم. ودعت الهيئة القبطية السويدية، وهى منظمة قبطية فى المهجر، الحكومة المصرية لكشف ما دفع الأقباط لهذه الهجرة الجماعية للأقباط من مصر، وقال ماهر يوسف رئيس الهيئة القبطية السويدية: بدلا من أن نلوم هؤلاء، على الحكومة أن تذكر وتناقش الأسباب التى دفعتهم للهجرة بهذه الطريقة بعد تعرض كنائسهم للحرق ووقوعهم تحت الاضطهاد الديني في ظل حكم الإخوان.