قرر الرئيس محمد مرسي تعيين المستشار محمود محمود محمد مكي نائبا له ، وهو والأخ الأصغر لمحمد مكي وزير العدل الحالي. يذكر أن المستشار محمود مكي هو المنسق العام لحركة "قضاة الاستقلال" والذي نادي بإصلاح السلطة القضائية في عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك ، وترتب علي ذلك إحالته إلي مجلس الصلاحية للتحقيق معه عام 2006 بعد أن كشف عدد من الانتهاكات التي وقعت في الانتخابات البرلمانية عام 2005 وقائمة سوداء بالمشاركين في هذا التزوير. وقد شارك الرئيس محمد مرسي في تظاهرات منددة بإحالة المستشار مكي إلي مجلس الإصلاحية وتم القبض عليه خلال تلك التظاهرة صباح يوم 18 مايو 2006م من أمام محكمة شمال القاهرة ومجمع محاكم الجلاء بوسط القاهرة وأفرج عنه بعد سبعة أشهر. ومن المواقف البارزة للمستشار محمود مكي ما حدث عام 2006 ، حين انتهت الجلسة الأولي للمحاكمة التأديبية فإذا بالمستشار محمود مكي،وهو أحد المحالين للتأديب، يندفع بسرعة نحو اللواء إسماعيل الشاعر، مدير امن القاهرة، ويمسكه من يديه ويقول له بانفعال: "أنت عارف عمر.. أنت فاكر واحد اسمه عمر"، فرد عليه الشاعر: "ايوه ده المرحوم ابني"، رد عليه مكي: "لو كنت فاكره صحيح اقرا له الفاتحة وادعي له.. وبلاش اللي بتعملوه في الشباب المعتصمين أمام النادي واللي سحلتوهم وضربتوهم.. وتذكر يا إسماعيل بيه أنهم في عمر ابنك الله يرحمه".
