شهدت لجنة السلطة القضائية المنبثقة من لجنة نظام الحكم بتأسيسية الدستور، أزمة حادة خلال صياغة البنود الخاصة بالمؤسسات القضائية في الدستور الجديد وذلك بعدما رفض أعضاؤها بالأغلبية اقتراح ممثل المجلس العسكري اللواء ممدوح شاهين بدمج القضاء العسكري في القضاء العادي, وأن يتم تحديد اختصاصات القضاء العسكري في باب السلطة القضائية بدلا من الباب الثاني بالدستور والخاص بالقوات المسلحة. وحذر بعض الأعضاء شاهين بأنه ليس ممثلا للمجلس العسكري بتأسيسية الدستور, وهو ما دفع شاهين لمغادرة الاجتماع منفعلا . وأكد المستشار تيمور مصطفى كامل، أن القضاء العسكري سيظل في باب القوات المسلحة, باعتباره قضاء خاصا، ولن يختص إلا بمحاكمة العسكريين فقط دون المدنيين, لافتا إلى أنه تم إلغاء أي سلطات لتعيين رئيس الجمهورية للنائب العام, وتم النص على أن تكون السلطات القضائية جميعا مستقلا وجمعيتها العمومية مختصة باختيار رئيسها . وأوضح أنه تم النص على إنشاء جهاز جديد للشرطة القضائية لتنفيذ الأحكام . كما استمر الخلاف حول تطبيق الرقابة السابقة على المحكمة الدستورية العليا، وأكدت مذكرة تقدم بها المستشار عوض المر الرئيس الأسبق للمحكمة الدستورية أن الرقابة السابقة للمحكمة لا تصلح فى الدول النامية وتظل معيبة فى جوهرها ومحدودة الأثر، لافتا الى أن نجاحها محدود فى الجزائر والمملكة المغربية وموريتانيا.