طالبت منظمات المجتمع المدنى اللجنة العليا للانتخابات باستخدام صلاحياتها والاستعداد الكامل لتفادى القصور الذى واجه الانتخابات فى المرحلة الأولى خصوصا بعد صدور التقرير النهائى لمشروع رقيب للمراقبة التكنولوجية للانتخابات، حيث أكد مجدى عبدالحميد، رئيس الجمعية المصرية للنهوض بالمشاركة المجتمعية، أن اللجنة العليا للانتخابات لم تستخدم صلاحياتها فى كثير من المخالفات، لافتا إلى أن تقرير المشروع رصد 15 حالة لشراء الأصوات وهو الأمر الذى كان يتم دون وجود آليات لردعه بالإضافة لوجود 71 حالة دعاية انتخابية داخل اللجان، كان معظمها من قبل حزب الحرية والعدالة حيث استخدم 30 حالة شعارات دينية للتأثير على الناخبين، فضلا على ظهور 8 حالات تحرش جنسى ضد السيدات و3 حالات استخدام للبطاقات الدوارة، ومنع مراقبى المجتمع المدنى من أداء مهمتهم حيث تعرض 19% من المراقبين للطرد والاعتداء البدنى فى اليوم الأول للانتخابات فيما تعرض 5% منهم من منع دخول لجان الاقتراع وهو ما يتناقض مع القانون والمعايير الدولية وقواعد اللجنة العليا للانتخابات. ومن جانبه طالب أحمد محسن المدير التنفيذى للجمعية المصرية للتنمية ونشر الوعى القانونى بأن يتم فرز صناديق الاقتراع داخل مقرات اللجان الفرعية بوجود مندوبى المرشحين ومراقبى منظمات المجتمع المدنى والإعلاميين والصحفيين، خصوصا بعد ما أثبت التحليل الإحصائى أن 17% من الصناديق يومى الاقتراع كانت غير مغلقة بالاقفال والشمع الأحمر مما رفع احتمال التلاعب فى الأصوات، وفى ظل الإقبال الشديد من قبل المواطنين (نحو 52%). وأضح محسن أن أوراق الاقتراع غير المختومة قدرت بنحو 30% على يومى الاقتراع، وهو ما يسيء لانتخابات ما بعد الثورة.
على جانب آخر انتقد الناشط الحقوقى محمد محمود أداء اللجنة العليا للانتخابات فى منع الدعاية داخل اللجان، بالإضافة إلى عدم وجود آلية تكفل حماية الصناديق خصوصا فى اليوم الثانى للتصويت، مضيفا أن اللجنة اعتمدت على الطريقة البدائية فى تشميع المكان كأنه مكان جريمة، وليس مقرا انتخابيا ولفت محمود إلى أن العليا للانتخابات تركت دورها لنادى القضاة وكأنه لجنة عليا موازية، وهو ما يعد تهميشا لدور اللجنة أو الاعتراف بالقصور فى أدائها
