قال الدكتور عبد الرحيم ريحان الخبير الأثري المعروف إن مسجد الرفاعى وجامع السلطان حسن والجمع بينهما كل يواجه الآخر يعد معجزة معمارية متفردة يحرص على مشاهدتهما كل زائر لمصر. وتابع ريحان في تصريحات إلى الفجر، أن خوشيار هانم، قد اختارت موقع الجامع ربما لأنه كان مقابلًا للسلطان حسن أو لأنه كان زاوية للشيخ الرفاعى لا أحد يعلم السبب الحقيقي لهذا الاختيار لكن الواقع انها اختارته واشترت الأرض و المبانى المجاورة له. وأضاف ريحان أن خوشيار هانم أوكلت إلى "حسين باشا فهمي" وكيل الأوقاف آنذاك بناء مسجد كبير بدلاً من المسجد الصغير ليكون مدفنًا لها ولأسرتها، إضافة إلى قبتان للشيخ "علي بن أبي شباك"، والشيخ "يحيى الأنصاري"، وبدأ "حسين باشا فهمي" العمل في المسجد، ولكن توقف عام 1885 م بسبب وفاة خوشيار هانم، وقام "هوتس باشا" باستكمال بنائه عام 1905، وتم افتتاح المسجد عام 1330ه- 1912م. وذلك طبقًا لدراسة أثرية للباحثة نورهان نبيل مصطفى ماجستير فى الآثار الاسلامية. ويلقى الدكتور ريحان الضوء على هذه الدراسة موضحًا أن تخطيط المسجد وطرازه المعماري، وضخامته يواكب كنائس آيا صوفيا والكاتدرائيات المسيحية في روما؛ والتقسيم الثلاثي الذي طغى على أغلب أجزاء المسجد فنجده في تخطيط بيت الصلاة، والواجهات قسمت كل منها إلى ثلاثة أقسام، وجدار القبلة، وحتى دكة المبلغ حملت على ثلاثة أعمدة، لهو بالطبع انعكاس لفكرة تقسيم البازيلكا الذي بدأ في العمارة الإسلامية منذ العصر الأموي. ويعتبر المسجد متحفًا مفتوحًا يعكس تاريخ العمارة الإسلامية في مصر، وقد أراد المعماري استعراض مهارته وفنونه فعكس كل العناصر المعمارية والفنية المعروفة في سجل العمارة الإسلامية، مناطق انتقال القباب، المقرنصات البديعة التي تحملها، تيجان الأعمدة الشاهقة، الدخلات والصدور المقرنصة في الواجهة، الأعتاب والعقود المزررة أو المعشقة التي تتخذ أشكالاً وريقات نباتية متداخلة تعلو فتحات الأبواب والمداخل والتي ميزت الفن المملوكي ويعد محرابه الخشبي قطعة فنية تحكي قصة الفن المملوكي بالذوق الفني الخاص بالقرن التاسع عشر، فشكّل من قطع خشبية متناهية الصغر يطلق عليها الفنانون طريقة الحشوات المجمعة كونت أطباقًا نجمية متجاورة شغلت ريشتي المنبر ومقدمته، فطعمت ترساته وكنداته ولوذاته بقطع من العاج والصدف. وكذلك تجد الذوق المملوكي في أسقفة التي قسمت إلى مربوعات وتماسيح وكسيت بطبقة اللازورد الأزرق، فأسقف المسجد يمكنك أن تجد فيها التطور الكبير في ضخامة القبة التي تجدها تقليدًا لقباب آيا صوفيا جنبًا إلى جنب مع الأسقف الخشبية المملوكية.
