قال الإعلامي إبراهيم عيسى، إن اعترافات المتورطين في حادث اغتيال النائب العام السابق هشام بركات، كشفت عن الوجود القوي للإخوان بمؤسسة الأزهر، وجامعة الأزهر، لافتًا إلى أنه لا أحد يمكنه أن ينكر ويخفي ما حدث بخروج آلاف الطلاب بالأزهر للحرق والتخريب والتدمير عقب فض إعتصام رابعة، وما حدث في المدينة الجامعية لدرجة أنه تم إغلاقها خوفًا من تغلغل الفكر المتطرف بها، فمؤسسة الأزهر، وجامعة الأزهر مخترقة من الإخوان. وأوضح "عيسى"، خلال تقديمه برنامج "مع إبراهيم عيسى" عبر فضائية "القاهرة والناس"، أن مؤسسة الأزهر تواجه مشكلة جذرية حقيقية، فهي لم تعد منبر للإسلام الوسطي، والرؤية المنفتحة المتسامحة للإسلام، بل مناهج الازهر أصبحت تغذي مناخ الإرهاب، وتصنع العقول المتطرفة، وتتسبب في اعتناقهم للأفكار المتطرفة، مشددًا على أن مؤسسة الأزهر مشغولة بالدفاع عن وظائفها وعن نفسها، ولم تواجه التطرف والإرهاب، مشددًا على أن الصمت على مايحدث بالأزهر أكثر من ذلك لن يسفر عنه إلا مزيد من الدماء.