تسبب نبأ سقوط شجرة مريم في حالة من الجدل بين الشعب المصري , لا سيما بعد ان إستغل البعض الامر ليثير الفتن الطائفية , في تلك الفترة الحرجة التي تمر بها .
وعلق أحد موظفي الامن المسئولين عن حماية "شجرة مريم" – رفض ذكر إسمه , قائلاً :" كل ما تردد في الفترة الأخيرة بشأن سقوط جرة مريم لا أساس له من الصحة ".
و تابع الموظف في تصريحات خاصة ل"الفجر" :" تجاور شجرة مريم شجرة أخرى أثرية و يرجع تاريخها إلى مجئ العائلة المقدسة لأرض مصر, وهي التي سقطت", مؤكداً أنه إلى الأن لم ينجح أحد في معرفة سبب السقوط فهناك من يقول أن مياه الصرف الصحي التي تسحب المياة منها هي السبب في السقوط , وهناك من يقول ان الرياح هي التي تسببت في السقوط , إلا أننا فوجئنا بسقوطها مرة واحدة عندما سمعنا صوت سقوطها على الارض.
وأضاف الموظف :" من المفترض ان ترسل وزارة الأثار لجنة مختصة للبحث والتدقيق و معرفة سبب السقوط وتحديد هل حدث ذلك بفعل فاعل أم لا ", مؤكداً أن شجرة مريم و التي إستظلت العائلة المقدسة بها وتباركت منها " شجرة البلسم الأصلية" لم تسقط ولا زالت قائمة إلى اليوم.
و قال بعض المؤرخون أن شجرة مريم الأصلية التى إستراحت تحتها العائلة المقدسة فى المطرية قد أدركها الوهن نتيجة للشيخوخة فسقطت وماتت سنة 1656 م وقام بجمع فروعها وأغصانها جماعة من كهنة الآباء الفرنسيسكان .
أما الشجرة الموجودة حالياً فقد نبتت مكانها من جذور الشجرة الأولى وهى ترجع إلى عام 1672 م , وقامت مصلحة ألاثار ببناء سور حولها وحولتها إلى مزار سياحى .
كما قال الأنبا غريغوريوس أسقف الدراسات العليا الراحل للأقباط الأرثوذكس فى مقاله له فى جريدة وطنى بتاريخ 12/6/2005 م عدد 2268:"وفي المطرية أو(البطرية) استظلت العائلة المقدسة تحت شجرة تعرف إلي اليوم ب(شجرة مريم),وهناك أنبع يسوع المسيح عين ماء وشرب منه وباركه, ثم غسلت فيه العذراء القديسة مريم ملابس الطفل الإلهي وصبت غسالتها علي الأرض,فنبت في تلك البقعة نبات عطري ذو رائحة جميلة هو المعروف بنبات (البلسم) أو(البلسان),يضيفونه إلي أنواع العطور والأطياب التي يصنعون منها مسحة(الميرون) المستخدم في الطقوس الكنسية.