نعي الدكتور عمرو خالد البابا شنودة وعبر عن بالغ حزنه ، متقدما بخالص العزاء للأقباط فى مصر. وأكد خالد أن مصر فقدت رجلا حمل هموم المسيحيين سنوات طويلة، بل وهموم الوطن بأسره، ولفت أنه كانت تجمعه بالبابا عدة لقاءات داخل مصر وخارجها تبادلا فيها النقاش حول هموم الوطن كمشكلة البطالة التى يعانى منها الشباب المصرى، وكيفية حلها، هذا إلى جانب اهتمامه باللغة العربية ووضعها فى مصر وكيفية الارتقاء بها. وأشار عمرو خالد إلى أنه مطمئن لوجود جيل من ورائه من المسئولين بالكنيسة يحملون هموم الوطن ويحملون نفس الرؤية التى كان يحملها، ولفت إلى أن وفاته لن تؤثر على مجرى الوحدة الوطنية فى مصر، لان روح الممسيحية تحث علي ذلك .