بعد رحيل قداسة البابا شنودة الثالث اصبح نيافة الانبا باخوميوس مطران البحيرة قائم مقام لحين كأقدم مطرانا واكبر سنا فى المجمع المقدس بعد الانبا ميخائيل مطران اسيوط مع ان الكنيسة تتوقع رفضة تولى تلك المنصب لظروفة الصحية واذا رفض هذا المنصب يكون الأنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس هو القائم مقام. وقائم مقام البطريرك يتولى الإشراف على أمور الكنيسة، لكنه ليس من حقه الترشح لخلافة البابا، حيث يقوم بتشكيل لجنة تدير شئون الانتخابات وتختص بفرز أوراق المرشحين والطعون المقدمة حتى تستقر الأوضاع على المرشحين الرئيسيين لخلافة البابا وانتخاب البابا الجديد.