تقدم الدكتور كمال الجنزورى, رئيس مجلس الوزراء, ببالغ التعازى للشعب المصرى فى وفاة البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقوسية, حيث نقلت الصفحة الرسمية لمجلس الوزراء عن الجنزورى قوله: "أنعي فقيد الأمة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وأقدم خالص التعازي للأخوة الأقباط بالداخل والخارج". بينما قال الدكتور محمد مرسى رئيس حزب الحرية والعدالة الجناح السياسى لجماعة الإخوان المسلمين, فى تغريدة مقتضبة على صفحته الشخصية على موقع التواصل الإجتماعى تويتر: "أتقدم بخالص التعازي لإخواني وأخواتي أقباط مصر في وفاة البابا شنودة". من جانبه, أعرب عمرو موسى المرشح المحتمل للإنتخابات الرئاسية المقبلة, عن بالغ حزنه لوافة البابا مؤكداً أن مصر فقدت مواطنا عظيما وحبرا قديرا ورائدا مميزا للعمل المصرى المشترك, مؤكدا أن البابا كان رجلا عظيما وقائدا دينيا لأقباط مصر وكان يعمل على الدوام لصالح الوطن وكان يحمل علم الوطنية المصرية، ويعمل على الوقوف بمصر صفا واحدا. من جانبه , اعرب الدكتور والداعية الاسلامى عمرو خالد , عن اسفه من رحيل البابا شنودة , حيث قال فى رسالة على صفحته : " نقدم خالص تعازينا لإخواننا الأقباط في مصر بصفة عامة، ولإخواننا الأقباط في صناع الحياة في وفاة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية عن عمر يناهز 88 عاماً بعد صراع مع المرض " .