أشار المجلس القومى لحقوق الإنسان فى تعليق له على الإعلان الدستورى الذى أصدره الرئيس بأن المادة الثانية تضمنت تجاوزاً بتحصينها لقرارات رئيس الجمهورية بصفة عامة من الطعن عليها، وهو ما يجاوز الغرض منها، ويطالب المجلس بإصدار تفسير لهذه المادة بما يخرج من نطاقها القرارات التى لا تتعلق بالحياة الدستورية ويرد للمواطنين حقهم فى التقاضى. كما يؤكد المجلس أن المادة السادسة لم يكن لها داعٍ سيما وأن الحالات المذكورة فيها يمكن مواجهتها فى ظل نصوص الإعلانات الدستورية والقوانين القائمة .
مشيرا إلى أن منح الضبطية القضائية للجنة تقصى الحقائق التى شكلها السيد رئيس الجمهورية والاعتداد بالمخرجات والأدلة التى رصدتها ، وكذلك الاعتداد بمخرجات وأدلة لجنة تقصى الحقائق للمجلس القومى لحقوق الإنسان لكى يعتد بها امام المحاكم .
كما يؤكد المجلس على ضرورة تفعيل توقيع مصر على معاهدة روما التى تسمح بمحاكمة الذين ارتكبوا تعديات على المتظاهرين والثوار بتهمة ارتكاب جرائم ضد الإنسانية بدلا من التهم التى حوكموا بها والمتعلقة بإرتكاب جنايات عادية .
ويقترح المجلس القومى لحقوق الإنسان فى بيان له تأسيس جهاز مستقل يقوده رموز من القضاء ورموز وطنية وأساتذة قانون لإدارة عملية ( الإنصاف والحقيقة) والتى تؤسس وفقاً لقانون يصدره السيد رئيس الجمهورية بعد استشارة الرموز الثورية والهيئات القضائية واساتذة القانون، وذلك وفقاً للتجارب العالمية السابقة والمعايير الدولية لحقوق الإنسان، بما يكفل العفو عن بعض مرتكبى جرائم انتهاكات حقوق الإنسان فى العهد البائد وفى أثناء الأحداث الثورية طالما كانوا أدوات فى يد رؤسائهم وينفذون أوامرهم .
على أن يكون هذا العفو وفقاً لضوابط معينة وبناءً على ما يقدمونه من شهادات تؤدى إلى التوصل إلى الفاعلين الأصليين والمحرضين على هذه الجرائم وإدانتهم وذلك وفق منظومة قانونية وقضائية رصينة ومتسقة مع معاهدة روما والمواثيق التى التزمت بها مصر والمبادئ الدستورية الراسخة .
ويؤكد على اعادة بناء وتطوير الهيئات القضائية تحت إشراف هيئة عليا لتطوير أداء جهاز العدالة يقودها شيوخ القضاء وتحافظ على استقلال القضاء مع تفعيل آليات شفافة لمحاسبة الذين اشتركوا فى تزوير الانتخابات أو تواطئوا فيها وكل من تغاضى عن واجبه القضائى فى محاسبة الفاسدين والمفسدين فى جرائم مالية أو سياسية .
كما يعرب المجلس عن قلقه الشديد من أى محاولة للتدخل فى استقلال القضاء أو إخراجه عن وظيفته الأساسية أو تجاوز مبدأ الفصل بين السلطات سواء من بعض القضاه أو من السلطة التنفيذية أو غيرهم .
ويدين المجلس كافة مظاهر العنف و الأعتداء على المؤسسات العامة والخاصة ، وكذلك استمرار مظاهر العنف والعنف المضاد بين الشرطة والمتظاهرين ، وكذلك تجاوز بعض المتظاهرين لسلمية التظاهر وخاصة الاعتداء على مقار بعض الأحزاب أو على متظاهرين آخرين .
كما يهيب المجلس القومى لحقوق الإنسان بكافة القوى الوطنية أن يضطلعوا بمسئوليتهم تجاه الأحداث الجسام التى تمر بها البلاد والتى أدت إلى شق الصف وانعكاس ذلك على الشارع المصرى ومخاطر العنف والعنف المضاد الذى يهدد حقوق الإنسان ، حرية و الكرامة و العدالة الاجتماعية التى قامت عليها ثورة 25 يناير المجيدة .