تولى الفريق عبد الفتاح السيسي منصب وزير الدفاع من اليوم بعد حلفه اليمين, بعد قرار الرئيس محمد مرسى باحالة محمد حسين طنطاوي للتقاعد , فى قرارات جذرية كان ينتظرها الشارع المصري. وعمل عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع الجديد , مديرا للمخابرات الحربية والاستطلاع ,وهو اول من اعترف فعليا بإجراء كشوف العذرية،مع أمين منظمة العفو الدولية..
وهو أول من أعلن صراحة الحاجة إلى تغيير ثقافة قوات الأمن، وأعطى تأكيدات بأن هناك تعليمات بعدم استخدام العنف ضد المتظاهرين وحماية المعتقلين من التعرض للمعاملة السيئة، وأكد على أن الجيش لا ينوي اعتقال النساء مرة أخرى.
اتهمه توفيق عكاشة بالتحكم في سلوك أعضاء المجلس العسكري، حيث شن هجوما عنيفا على المجلس وعلى رأسه المشير طنطاوي، متهما إياهم بالخضوع لضغوط المخابرات الحربية ومديره اللواء عبدالفتاح السيسي، حيث اتهم عكاشة السيسي بأنه ينتمي للإخوان المسلمين، وأن بعض أفراد أسرته يرتدين النقاب والجوانتي، وهو ما دفع المجلس للتأكيد على أن ما قاله عكاشة ما هو إلا افتراءات ومحض كذب