علق الأنبا يوحنا قلتة على إطلاق جماعة الإخوان المسيحيين فى مصر قائلا"عبث فى عبث" مؤكدا مصر وطن غير قابل للانتساب. وتابع قلتة فى برنامج "بلدنا" على قناة "صدى البلد" : لايوجد مدينة قبطية ولا مدينة إسلامية، فمصر غير قابلة للانتساب والدليل على ذلك حكم الفاطميين سنوات طويلة وعلى الرغم من ذلك لم تتشيع مصر، وفي صراع الأمويين والعباسيين انقسم العالم بالكامل إلا مصر، فحائط الصد في مصر عبارة عن حضارة عميقة الجذور وتدين عميق الجذور أيضًا. وحول وضع الأقباط فى مصر أكد قلتة هناك تغيرات جوهرية حدثت في حياة الأقباط بعد الثورة،فدماء المسيحيين بجانب إخوانهم المسلمين في الثورة غير تاريخ الأقباط، فالفضل للمسلمين عندما حموا إخوانهم في الميدان في صلاتهم وخرج الشباب القبطي من تحت عباءة الكنيسة ولم يعد.
وفيما يخص علاقته مع شيخ الأزهر أشار قلتة " شيخ الأزهر إنسان مثقف ثقافة إنسانية عالمية، فهو مسلم حقيقي ومن يهاجمونهم لم يعرفوه.. ويعيبنا في الشرق أننا متدينون حتى آذاننا وكل ذلك جميل، ولكن الإيمان مواقف وأخلاق " ، مؤكدا عندما التقيت بشيخ الأزهر عند الرئيس مرسي قلت له أذكرك بشيء أن تجلس على كرسي عمرو بن العاص، فقال لي إن تحملني مسئولية كبيرة، فهو مصري صميم ولكن ربنا يسترها ممن حوله.