حملت بعض الأحزاب السياسية والحركات الثورية بأسيوط، الرئيس محمد مرسي وجماعة الإخوان المسلمين مسئولية أحداث العنف التي شهدها محيط الكاتدرائية بالعباسية. ووصف بيان الحزب الناصري، الأحداث الجارية بالشكل الممنهج من نظام مرسى وجماعته لافتعال أزمات وفتن طائفية واجتماعية مثل فتن القبائل بجنوب مصر وغيرها للخروج من أزماته السياسية، منتقدين حماية مقر جماعة الإخوان المحظور وتجاهل وضع خطة أمنية محكمة لحماية الكاتدرائية. وأشار بيان لاتحاد شباب الثورة، إلى أن ما حدث بمقر الكاتدرائية يعد سابقة جديدة لم تحدث من قبل على مدار تاريخ مصر أن يهاجم المقر البابوي، وذلك لغياب دولة القانون، وكذلك عدم الكشف عن المتورطين في الجرائم التي تحدث يوميًا رغم تصريحات الرئيس في مناسبات داخل مصر وخارجها أنه يعرف هويتهم وأنه لا يزيد عددهم عن أصابع اليد الواحدة. واستنكر عقيل إسماعيل عقيل المتحدث الرسمي للاتحاد بعد السلطة التنفيذية متمثلة في حكومة الدكتور هشام قنديل عن احتواء الأزمات والتعامل معها، وكذلك عدم القدرة على مواجهة الإخطار التي تحيط بالدولة والتي تحاول تفتيت نسيجها المتماسك. ووصف بيان حزب المصريين الأحرار، الاعتداء على الكاتدرائية عقب تشييع جثامين شهداء مجزرة الخصوص، هو تواطؤ يجب أن يقدم المشاركون فيه للمحاكمة الفورية، ولايجب تصويره على أنه مجرد غياب أو تخاذل أمني وأن الاعتداء على الجنازات والأماكن المقدسة سلوك إجرامي نستنكره بشدة، وأن صمت النظام لوقف موجة العنف الطائفي يثير الكثير من علامات الاستفهام.