اعلان الجيش الحياد خلال أزمة الدستور أثار القلق حول استقلاليته أبوغزالة ومحمد علي بلال أبرز القادة الذي كان لهم توجهات دينية اقالة المشير أكدت وجود قيادات متوسطة تدين بالولاء للجماعة العلاقة بين الجيش وجماعة الاخوان المسلمين، كانت مثار اهتمام وبحث من العديد من الخبراء خلال الفترة الماضية، خاصة بعد الموقف الأخير من قادة الجيش بعدم التدخل في الحياة السياسية على الرغم من الصراع الدموي الذي اندلع مؤخرا، عقب إصدار الرئيس محمد مرسي إعلان دستوري جعل نفسه فوق كل السلطات، وكذلك طرح الدستور المثير للجدل للاستفتاء بدون توافق مجتمعي عليه. قال "مجلس العلاقات الأمريكي" إن هناك شعورا متزايدا بأن جماعة الإخوان المسلمين نجحت في التسلل إلى الجيش المصري، وأن هناك قادة يدينون بالولاء للجماعة، خاصة بعد الشائعات عن انتماء وزير الدفاع الجديد "عبدالفتاح السيسي" الذي عينه الرئيس محمد مرسي للإخوان. وأشار المجلس في التقرير المطول الذي نشره على موقعه الالكتروني، إن موقف الجيش من الأحداث التي تجري في مصر ووقوفه صامتا أمام الإعلان الدستوري الذي أصدره الرئيس محمد مرسي، والمواجهات الدامية التي جرت بسببه، ثم قبول الجيش تأمين الاستفتاء على الدستور أثارت الكثير من التساؤلات حول ولاء قادة الجيش للرئيس مرسي وجماعة الإخوان المسلمين. وقال إن الظروف التي أحاطت بوضع الدستور الجديد ورفض المعارضة والقوى المدنية والليبرالية لمشروع الدستور الذي وضعته التيارات الإسلامية وجماعة الإخوان، جعلت هناك توقعات باحتمال اتخاذ الجيش موقف لصالح الشعب لكن إعلان قائد الجيش أن القوات ستظل في الثكنات بل وسوف تنزل لتأمين الاستفتاء، جعل هناك الكثير من التساؤلات حول مدى تسلل جماعة الإخوان إلى الجيش والسيطرة عليه. وطوال العقود الماضية حاولت الأنظمة الحاكمة إبعاد التيارات الإسلامية عن الجيش، لكن الموقف تغير خلال السنوات الماضية حيث كان هناك العديد من الضباط والقادة من الرتب الصغيرة ينتمون إلى تيارات إسلامية وزاد هذا الأمر عقب نجاح ثورة 25 يناير. وأوضح المجلس الأمريكي أنه منذ إقالة المجلس العسكري السابق بقيادة المشير "محمد حسين طنطاوي" واختيار اللواء عبدالفتاح السيسي كان هناك إشاعات تشير إلى أن دعم السيسي لجماعة الإخوان، وأنه كان رجل الجماعة داخل المجلس العسكري. وكان هذا الاختيار وراء العديد من التساؤلات لماذا تم اختيار السيسي تحديدا؟ ولماذا تم ترقيته إلى فريق أول؟، وهي الأسئلة التي لم يعثر أحد على إجابة لها، لكن الشئ المؤكد أن ولاءه أصبح للرئيس بشكل تام. واستند معد التقرير "ستيفن كوك" إلى العديد من الوقائع التاريخية في الجيش المصري التي تشير إلى وجود قادة لهم ميول تجاه الجماعات الإسلامية، ومنهم المشير "محمد عبدالحليم أبوغزالة" القائد الأسبق للجيش المصري، والذي كانت زوجته ترتدي الحجاب، والذي كان له أراء أثارت القلق من توجهاته، ومنها أن أهداف وتحركات الجيش يجب أن تتفق مع مبادئ الشريعة الإسلامية. وكان هناك أيضا اللواء محمد على بلال، قائد القوات المصرية في حرب الخليج، والذي كان هناك شعور كبير بميوله الإسلامية، وهو ما أثار قلق الرئيس السابق حسني مبارك. وفي نهاية التقرير يرى مجلس العلاقات الخارجية الأمريكي، أن العديد من القوى السياسية في مصر ترى أن موقف الجيش السلبي في الأحداث الأخيرة كان بسبب علاقة مع الاخوان المسلمين، أكثر من رغبة الجيش في البقاء بعيدا عن السياسة كما ادعى القادة. كما أن الجميع على قناعة أن الرئيس مرسي ما كان ليستطيع أن يقيل المجلس العسكري والمشير حسين طنطاوي بدون الحصول على دعم من بعض قيادات الجيش خاصة من الرتب المتوسطة والذين كانوا يمكن ان يتحركوا ضده.