هناك الكثير من الآثار الجانبية لتناول المضادات الحيوية نُوه عن خطورتها دكتور حازم المصرى أخصائى التغذية فى المركز المصرى البريطاني لعلاج السمنة حيث إنها تسبب التقيحات في القولون الناجمة عن التهاب القولون الغشائي الكاذب بالإضافة لعسر الهضم. كما يسبب إسهال حاد سببه جرثومة المطثية العسيرة وهي جرثومة انتهازية تستغل موت جراثيم النبيت المعوي (بكتيريا الأمعاء النافعة). بسبب تناول المضادات الحيوية، لتسبب بدورها التهابًا حادًا بأغشية القولون يرافقه اسهال حاد، وعلاج هذا الالتهاب يكون بمحاولة إعادة النبيت الجرثومي المعوي إلى الأمعاء عن طريق تناول اللبن أو حبوب خاصة تحوي البكتيريا النافعة للأمعاء.