كشفت تقارير استخباراتية ومن الخزانة الأمريكية تورط أفراد من أسرة آل ثاني الحاكمة في قطر بتمويل ورعاية قيادات كبيرة في تنظيم القاعدة على مدى عقود وتأمين مأوى لقيادات التنظيم وحمايتهم على أراضيها. وطبقا لقناة العربية فقد استغل أفراد من أسرة آل ثاني الحاكمة وقطريون نفوذهم ومواقعهم لتمويل وتقديم دعم مباشر لتنظيمات إرهابية، واحتضان إرهابيين وتسهيل عملية تنقلهم بين الدول لخدمة أجندتهم الإرهابية، بحسب تقارير استخباراتية ووثائق وزارة الخزانة الأمريكية. ومن أبرز المتورطين عبدالله بن خالد بن حمد آل ثاني، وزير الأوقاف ووزير الداخلية، المتهم بإيوائه 100 متشدد في مزرعته في قطر، من بينهم مقاتلون في أفغانستان، ومدهم بجوازات سفر لتسهيل تنقلاتهم عبر الدول بمن فيهم خالد شيخ محمد، كما استخدم ماله الخاص وأموال وزارة الشؤون الدينية والأوقاف في قطر لتمويل قادة في فروع تنظيم القاعدة. أما عبدالكريم آل ثاني، أحد أفراد العائلة الحاكمة في قطر، فقد قدم الحماية في منزله لزعيم تنظيم القاعدة في العراق أبو مصعب الزرقاوي، أثناء انتقاله من أفغانستان إلى العراق عام 2002، ومنح جوازًا قطريًا للزرقاوي وموله بمليون دولار أثناء تشكيل تنظيمه شمال العراق. ومن أفراد العائلة الحاكمة إلى مؤسساتها وتحديدًا جمعية قطر الخيرية، التي تصنف إحدى أبرز مصادر تمويل تنظيم القاعدة ومدير جمعية قطر الخيرية كان عضوًا في تنظيم القاعدة، وسهل سفر وتمويل أفراد في التنظيم من خلال نقلهم من إريتريا. ومن القيادات التي تمت حمايتها قطريًا إبراهيم أحمد حكمت شاكر، الموظف السابق في وزارة الأوقاف القطرية والمتورط بالتنسيق في هجمات 11 سبتمبر على نيويورك وواشنطن. إبراهيم الذي ثبتت علاقته المباشرة باثنين من المهاجمين اعتقلته السلطات القطرية، وطالب مكتب التحقيقات الفيدرالية إف بي آي الحكومة القطرية بضرورة استجوابه لكن الدوحة أفرجت عنه بسرعة وأعادته إلى بلده الأم العراق.
