رغم تألقه وظهوره بمستوى جيد مع فريق الزمالك ومنتخب مصر خلال الأعوام الثلاثة الأخيرة ، إلا أن باسم مرسي أثار العديد من المشاكل والأزمات سواء داخل الملعب أو خارجه مع زملائه أو المنافسين. ويقدم موقع "صدى البلد" تقريرا بالفيديو عن المشاكل والأزمات التي أثارها باسم مرسي خلال الفترة الأخيرة. 1- دخل باسم مرسي في مشاجرة مع محمود حمدي حارس مرمى مصر المقاصة وبعض لاعبي الفريق الفيومي في مباراة الفريقين في الدوري في الموسم الماضي. ورغم حصول باسم مرسي على انذار من حكم اللقاء محمد فاروق، إلا أنه بعض دقائق قليلة عاد ليتشاجر مجددا مع حارس المقاصة بطريقة عنيفة ليقوم الحكم بطرده. 2- اعترض باسم مرسي بشكل غير لائق على مدربه مؤمن سليمان أثناء استبداله في مباراة الزمالك مع الوداد المغربي في قبل نهائي دوري أبطال أفريقيا. 3- دخل باسم مرسي في خناقة ومشاجرة مع قائد فريق الزمالك حازم إمام في معسكر الفريق، ووصلت المشاجرة الى قيام حازم امام برفع السكين على حازم امام. 4- دخل مرسي في خناقة مع احد لاعبي فريق شبيبة بجاية الجزائري بعدما قام باسم باستفزازه في مباراة الفريقين. 5- دخل باسم مرسي في خناقة مع 4 مشجعين مصريين أهلاوية في تونس أثناء سفر الزمالك لمواجهة الصفاقسي. 6- اعتدى باسم مرسي، بالضرب بالكوع بدون كرة على سعد سمير مدافع الأهلي في مباراة الفريقين في نهائي كأس مصر مما جعل سعد سمير يتعرض لاصابة بالغة وينزف دما. 7- دخل باسم مرسي في مشادة كلامية مع زميله في فريق الزمالك أحمد حمودي عقب نهاية مباراة بتروجيت في الدوري بالتعادل. 8- دخل باسم مرسي في مشادة مع زميله في فريق الزمالك مصطفى فتحي عقب احدى المباريات في الدوري. 9- دخل باسم مرسي في مشادة مع زميله في فريق الزمالك محمد سالم ليقرر الجهاز الفني استبعاد باسم من قائمة مباراة الداخلية. 10- دخل باسم مرسي في مشادة كلامية مع الاعلامي كريم حسن شحاته خلال برنامجه عبر شاشة قناة النهار رياضة. 11- تشاجر "مرسي" مع مدافع النجم الساحلي التونسي عقب نهاية مباراة الفريقين في كأس الكونفيدرالية الإفريقية. 12- اعتدى باسم مرسي، على مدافع منتخب غينيا بدون كرة في مباراة مصر مع غينيا الودية ما جعل اللاعب الغيني يمسك به من رأسه من الخلفة لتنشب مشاجرة بين اللاعبين. 13- أهان باسم مرسي، جماهير الأهلي بعدما التقط صورة وهو يمسك فلفل حار ردا على رفض جماهير الاهلي ارتدائه قميص محمد أبو تريكه رقم 22 في منتخب مصر. 14- قام باسم مرسي بالاعتداء على حارس مرمى صن داونز بدون كرة في مباراة نهائي دوري أبطال أفريقيا مما تسبب في اصابة الحارس وحرمه من اكمال المباراة وتم استبداله 15- قام باسم مرسي بعرقلة مدافع المقاولون العرب بدون كرة في مباراة الفريقين الاخيرة في الدوري. 16- دخل باسم مرسي في مشادة كلامية مع المستشار مرتضى منصور رئيس نادي الزمالك وتبادل الطرفان الاتهامات مما تسبب في ايقاف اللاعب أكثر من شهر وابتعاده عن الملاعب. 17- اعترض باسم مرسي على هيكتور كوبر المدير الفني لمنتخب صر أثناء استبداله بين شوطي مباراة مصر مع غانا في تصفيات كأس العالم.
