قال الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح إنه لا يستبعد تورط إسرائيل في حادث رفح حتى ولو من خلال بعض الجماعات المسلحة، ومن قام بهذا الحادث مجرم أيا كانت ديانته أو أفكاره، مؤكدا أنه هناك محاولات لبقاء علاقة مصر بإسرائيل كما كانت في عهد مبارك. ورفض أبو الفتوح في حديثه على قناة الجزيرة مباشر مصر الربط بين العفو الرئاسي الذي صدر بحق بعض الإسلاميين ووقوع حادث رفح، فالذين أفرج عنهم الرئيس أدوا فترة سجنهم والأحكام التي كانت عليهم. وأضاف أبو الفتوح "لا أعترف بالقضاء العسكري ولا بالأحكام العسكرية، فلا يجوز محاكمة أي مدني أمام محاكم عسكرية خاصة بعد ثورة 25 يناير". وأكد أبو الفتوح على أنه لا يمكن حكم مصر بعد الثورة بنظام ديمقراطي تحت سيادة المجلس العسكري، فيجب على أعضاء المجلس العسكري التخلي عن الوصاية السياسية والتفرغ لحماية حدود الوطن، مطالبا الرئيس محمد مرسي بإلغاء الإعلان الدستوري المكمل لأنه ليس لديه مشروعية. وأوضح أبو الفتوح أن جماعة الإخوان المسلمين ليس لديهم أي نية للسيطرة على مؤسسات الدولة السيادية، مضيفا "الإخوان فصيل وطني ولكن البعض يحاول إخافة الشعب المصري وتفزيعه منهم بمبالغة شديدة". ووصف أبو الفتوح حكومة الدكتور هشام قنديل بأنها حكومة "استرضائية"، مشيرا إلى أنه متحفظ على تشكيلها، وأنه كان يتمنى أن تكون الوزارة اكثر قوة سياسيا ومهنيا. وأكد أبو الفتوح أنه لم يتم الاتصال به من مؤسسة الرئاسة لتولي أي منصب، معلنا وقوفه خلف الرئيس مرسي من اجل مصلحة مصر.