خيمت حالة من الحزن والأسى على جموع الشعب المصرى بمختف طوائفه فور إذاعة خبر وفاة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وساد اللون الأسود معظم كنائس مصر فى إشارة للحداد على الرجل القبطى الفريد فى تاريخ الشعب المصرى. وأعلنت الكنيسة البطريركية بالشرقية عن بالغ حزنها الشديد بعد الإعلان الرسمي عن وفاة البابا شنودةعن عمر يناهز 88 عامًا. وقال القمص عبد المسيح عبد الملاك، قمص كنيسة الأنباطريك بالزقازيق، إن فقدان البابا شنودة خسارة فادحة للمسلمين والأقباط، وليس للأقباط فقط، فقد كانت محبة البابا شنودة تشمل كل مصري وكان محبًا للإنسانية عموما. فيما قال القمص أبانوب، وكيل مطرانية أسيوط، إن الجميع حزين على وفاة البابا، مشيرا إلى أنه سافر مع الأنبا ميخائيل إلى القاهرة لحضور تدابير شئون الكنيسة وسوف يتم عقد اجتماع بين قيادات المطرانية بأسيوط لاختيار ممثلين عن المطرانية لحضور دفن الجثمان بمدافن البطاركة بالكرازة المرقسية الثلاثاء المقبل. ومن جهته، أكد خالد مصطفى، المتحدث الإعلامي باسم جماعة الإخوان المسلمين بأسوان، أن الجماعة تتقدم بخالص التعازي لأقباط مصر في وفاة البابا شنودة. وفي نفس السياق، تقدم محافظ أسوان بالتعازي لنيافة الأنبا هدرا، أسقف أسوان، في وفاة البابا. فى حين توافد العشرات من أقباط مطروح على كنيسة السيدة العذراء وسط مدينة مرسى مطروح الكنيسة الرئيسية من بين 6 كنائس على مستوى المحافظة، واللذين انتابتهم حالة من الذهول بعد سماعهم نبأ وفاة البابا.
ومن جهته، نعى الشيخ محمد على حسانين، مدير مديرية الأوقاف بالأقصر، قداسته، كما نعاه الشارع الاقصرى أقباط ومسلمين على حد سواء، مشيرًَا إلى أنه من الشخصيات التي حاربت العصبية الطائفية، وأنه كان نموذجًا للوحدة الوطنية بين جميع المصرين أقباط ومسلمين. وأعرب أقباط شمال سيناء عن حزنهم الشديد عقب سماعهم خبر وفاة قداسة البابا، وقالت نانسي عبدو، إحدى الأقباط القاطنين بمدينة العريش في شمال سيناء، إنها حزنت للغاية عقب إذاعة خبر قداسة البابا، مشيرة إلى أنه كان رمزًا للسلام وكان يمدنا الصبر والشجاعة. وقال الدكتور ماجد القمرى، رئيس جامعة كفرالشيخ، إن البابا كان نموذجا من نماذج الوحدة الوطنية، مشيرا إلى أنه كان يتسم أيضا بالعقلانية والوسطية والحكمة فى مواقفه وآرائه. ونعى الحزب المصري الديمقراطي الاجتماعي بأسيوط في بيان له إلى الشعب المصري، وفاة البابا شنودة، ووصفه بأنه وطني من الطراز الأول. كما توافد مئات الاقباط على مطرانيات وأبراشيات المنيا لحضور قداس وفاة البابا شنودة، حيث اتشحت المطرانيات والأبراشيات بالسواد وسادت حالة من الحزن والبكاء الشديد على جميع الحاضرين. ونعى اللواء جمال إمبابى، محافظ الإسماعيلية، قداسته، وقدم خالص التعازى للإخوة الأقباط بمحافظة الإسماعيلية وداخل مصر وخارجها، مشيرًا الى أن الفقيد عمل على ترابط الوحدة الوطنية بجمهورية مصر العربية طيلة اعتلائه للكرسى البابوى، وأعرب عن حزنه الشديد لوفاته. وأعلنت مطرانية الأقباط بالبحر الاحمر، الحداد بجميع الاديرة والكنائس على وفاة البابا شنودة، حيث تستقبل المطرانية بالغردقة بدار المناسبات وفود المعزين من المسلمين والاقباط من صباح غد، الاثنين، واعتبرت القوى السياسية بالغردقة وفاة البابا خسارة كبيرة لاحد رموز الوحدة الوطنية المصرية. واكد فضيلة الشيخ عصام المراغي، مقرر بيت العيلة المصرية، انه قدم تعازيه لقيادات الكنيسة بالغردقة، واعتبر المراغي رحيل البابا شنودة يوما حزينا في تاريخ الوحدة الوطنية. واكد محيي العبادي، امين حزب العربي للعدل والمساواة بالغردقة، ان البابا شنودة حمى الوحدة الوطنية في اكثر من موقف. وقال حسنين الشورى، وكيل لجنة النقل والمواصلات بمجلس الشعب ونائب عن حزب الحرية والعدالة، إن البابا شنودة منارة اتزان الوطن ورحيله أثر فى كل المصريين الشرفاء. وخيم الحزن على اهالي محافظة الوادي الجديد عقب سماعهم نبأ وفاة البابا شنودة، واكد مصدر كنسي انه لم يتم فتح ابواب كنيسة العذراء حتى الآن، وجار التجهيز لقداس الصلاة وتلقي العزاء ودق جرس الكنيسة 3 مرات ايحاءً لمرارة الحزن وللاستعداد لتلقي العزاء. فيما أكد القمص بولا، وكيل مطرانية المنوفية، أن كنائس المحافظة اعلنت الحداد ودقت الاجراس ورفعت الرايات السوداء بعد وفاة البابا شنودة الذى يعتبر قيمة كنائسية كبيرة، واضاف ان العزاء سيكون فى القاهرة وان الجميع سيتوجه الى الكاتدرائية بالعباسية لاقامة الصلوات عليه وتوديع جثمانه. ونعى الدكتور عبد الرحمن الشوربجي، عضو مجلس الشعب عن حزب الحرية والعدالة بدائرة شمال سيناء، البابا، وقال: "أتوجه باسم الهيئة البرلمانية في شمال سيناء بخالص العزاء للإخوة الأقباط في وفاة البابا شنودة الثالث"، مشيرا إلى أن مواقفه مشرفة للغاية على الصعيد الوطني وكذلك مع القضية الفلسطينية. وقال القمص فرنسيس فريد، وكيل مطرانية بني سويف، في اول رد فعل للأقباط ببني سويف بعد وفاة البابا شنودة الثالث: "إننا استقبلنا الخبر بالصدمة، وسنحضر قاعة المناسبات لاستقبال المعزين".