اعتبر علي عبد الفتاح، القيادي في جماعة الإخوان المسلمين، أن حديث الظواهري هدفه 'الشو الإعلامي فقط'. وقال عبد الفتاح، في تصريح لجريدة 'الحياة': 'كلامه مردود عليه، فالإنجازات التي حققها الدكتور مرسي أكبر بكثير من المتوقع، ويكفي أنه خلّص مصر من حكم العسكر، وطهّر الأجهزة الرقابية، ما سيسمح بفتح ملفات الفساد، فضلاً عن إلغاء الإعلان الدستوري المكمل'. وأوضح أنه في ما يخص تطبيق الشريعة، فإن الوسائل كثيرة للوصول إلي هذا الهدف، ولكن ليس العنف أحدها، وقال: 'نسعي إلي تغيير مجتمعي متدرج، وبقاء واستقرار رئيس مدني منتخب أولي من هذا التحريض الذي يمارسه الظواهري وأنصاره'. وعن حديثه بخصوص العلاقة مع إسرائيل، قال عبدالفتاح: 'الوحيد الذي فتح معبر رفح ويساند القضية الفلسطينية هو الرئيس مرسي، ما كان منفذ رفح يُفتح لفترات طويلة إلا لو كان الرئيس مسانداً لقضية فلسطين، وهو لم يذكر كلمة إسرائيل مطلقاً، وفي ذلك إشارة، كما أن مواد البناء اللازمة لإعادة إعمار غزة مصر تساعد في إدخالها'. وأضاف: 'الظواهري بتحريضه يريد 'شو' الظهور إعلامياً ليس أكثر وهو لا أنصار له في مصر أصلاً'، ورفض الربط بين ما كشفته السلطات عن خلية مدينة نصر الإرهابية وتسجيل الظواهري. من جانبه، قال القيادي في 'الجماعة الإسلامية' الدكتور طارق الزمر ل 'الحياة' إن الجماعة تري أن الثورة لم تكتمل بعد 'لكن علينا أن نساعد الرئيس المنتخب في استكمال الثورة، والتأكيد علي أن ذلك مسئولية الشعب وليس الحكومة والسلطة'. وبخصوص حديث الظواهري عن الشريعة الإسلامية، قال الزمر: 'دورنا أننا انتخبنا رئيساً نثق في تطبيقه للشريعة وعلينا أن نعاونه بالنصح والمشورة، لكن يجب أن نعلم أن الشريعة لا تُطبّق في شهر أو اثنين ولا حتي سنة، لأن الشريعة كنظام قانوني في حاجة إلي وقت لتطبيقها، والأولوية الآن يجب أن تكون لتطهير المؤسسات ومكافحة الفساد، لأنه من دون ذلك لن تطبق الشريعة'. وأيّد الزمر دعوة الظواهري لإطلاق عبدالرحمن، ولكنه أوضح أن ذلك لا يكون بالعنف أو إعلان الحرب علي أمريكا ولكن بالوسائل السلمية والقانونية والدبلوماسية، وقال الزمر: 'الثورة لن تنجح إلا بالوسائل السلمية وأي محاولة لإدخال العنصر المسلح لن يؤدي إلا لإجهاضها'. وعن حديث الظواهري بخصوص الخلاف بين الليبراليين والإسلاميين، قال الزمر: 'هذا الخلاف موجود ويسأل عنه العلمانيون الذين يريدون زرع الفتنة، فالاستقطاب هم السبب فيه وهو أمر يضر بالثورة'. من جانبه، قال الخبير السياسي الدكتور عمرو الشوبكي، وهو أحد الأصوات الليبرالية في مصر، إن الثورة لم تقم في مصر لتطبيق الشريعة، ويجب ألا تختزل الثورة في هذه النقطة 'ثم إن الظواهري وتنظيمه لم يشاركا في ثورات الربيع العربي، بل علي العكس بعثت هذه الثورات برسالة مفادها أنه يمكن التغيير سلمياً وليس عن طريق العنف'. وأوضح أن 'هجوم الظواهري وتحريضه لن يغيّرا في الأمور شيئاً، فالقاعدة تنظيم احتجاجي عنيف خارج الأطر السلمية والديمقراطية، وهو ليس طرفاً مؤثراً في الحياة السياسية المصرية'، واعتبر أن حديث الظواهري عن القوي المدنية 'تحريضي، ولا أساس له من الواقع'، وقال: "الاستقطاب بين القوي المدنية والإسلامية علي رغم كل مشاكله ووصوله إلي مرحلة الخطر في بعض المواقف، إلا أنه يبقي داخل إطار العملية السياسية". وكان أيمن الظوهري، زعيم تنظيم "القاعدة"، وجّه انتقادات حادة لحكم الرئيس محمد مرسي، داعياً المصريين إلي "الثورة من جديد من أجل فرض الشريعة". وفيما تجاهلت رئاسة الجمهورية الرد علي انتقادات الظواهري، اعتبرتها تيارات الإسلام السياسي "تحريضاً غير مقبول". ونُسب إلي الظواهري قوله في تسجيل صوتي إن 'المصريين يريدون رؤية حكومتهم محررة من التأثير الأمريكي وكذلك انتصار فلسطيني علي إسرائيل'. وأضاف أن 'المعركة لم تنته ولكنها بدأت'، داعياً 'جميع الناس الشرفاء في مصر' إلي 'القيام بحملة شعبية من أجل إنجاز الثورة التي أجهضت'. وقال: 'علي الأمة الإسلامية في مصر خوض معركتهم للنهاية لنصرة الشريعة الإسلامية'، ووجه تساؤلات إلي الرئيس مرسي حول نياته تجاه إسرائيل، والأقباط المصريين، وآلية تطبيق الشريعة، وأكد تمسكه بخطف غربيين لمبادلتهم بأمير 'الجماعة الإسلامية' الشيخ عمر عبدالرحمن المسجون في أمريكا. من جانبه ،وصف الدكتور أيمن أبو العلا عضو الهيئة العليا للحزب المصري الديمقراطي تصريحات أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة بشأن الحكومة المصرية بانها مستفزة ، قائلاً إن كل المصريين يرغبون في تطبيق الشريعة التابعة في القرآن والسنة. واضاف ابو العلا في تصريحات لجريدة الاهرام لا يحق لأي فرد مهما كان أن يتدخل في الشئون الداخلية حتي ولو كان مصريا مقيما في الخارج ، مطالباً الظواهري بأن يأتي لمصر وينتقدها من داخلها إذا اراد ان يتحدث عن الشئون الداخلية. ويأتي حديث الظواهري بعد أيام من ضبط سلطات الأمن المصرية خلية وصفتها بالإرهابية وسط حديث عن ارتباطها بتنظيم القاعدة، فضلاً عن معلومات عن سعي جهاديين أطلق سراحهم أخيراً من السجون إلي تشكيل تنظيمات مسلحة. وكان زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري- قد دعا المصريين إلي القيام بحملة شعبية "من أجل انجاز الثورة مشيرا الي ان "ثورة مصر يجب ان تستمر ويجب ان يضحي المسلمون حتي الحصول علي ما يرغبون وحتي انتزاع كرامة وشرف مصر من الأيادي الفاسدة".