وافق الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك علي بناء متحف كبير لمقتنيات البابا شنودة الثالث في دير الانبا بيشوي بصحراء وادي النطرون . كما وافق الانبا باخوميوس علي نقل الجثمان الي مزار جديد مجاور للمتحف أوسع من المزار القائم علي ان يكون افتتاحه في الذكري السنوية الاولي لرحيل البابا . جاء ذلك بمبادرة من عدد من أعضاء المجمع المقدس وبموافقة الانبا صرابامون رئيس دير الانبا بيشوي بوادي النطرون . يضم المتحف بعض الملابس الكهنوتية الخاصة بالبابا وعصاه التي يستخدمها في كل تحركاته الي جانب شهادات الدكتوراة الثمانية التي حصل عليها من عدة جامعات دولية وبعض الجوائز الهامة منها جائزة اليونسكو من فرنسا وجائزة حقوق الانسان من ليبيا . كما يضم المتحف الاف الصور الفوتوغرافية التي جمعته بكبار رجال الدولة وعدد من الشخصيات العالمية مثل الرئيس الاسبق جيمي كارتر والرئيس الامريكي الحالي باراك اوباما وعدد من الرؤساء العرب . وسيكون المدفن الجديد بمثابة مزار كبير يسمح للآلاف من محبيه بزيارته دون ازدحام .