أبدت الجمعية الوطنية للتغيير قلقها العميق تجاه الاستخدام المكثف للدين والشعارات الدينية من قبل فصائل التيار الإسلامي وما تزامن معه من استنفار مقابل من أقباط مصر - بحسب وصفها - وهو ما يحول عرساً مفترضا للديمقراطية إلي استقطاب طائفي أطاح بكثير مما أنجزته ثورة يناير من ذوبان للمصريين جميعا في بحر الوطنية المصرية دون تفرقة بين مسلم و مسيحي. وقالت الجمعية في بيان لها : أن ما جري قبل و أثناء يوم الاستفتاء من تحويل واجب التصويت من واجب وطني إلي واجب شرعي وتحويل التصويت " بنعم " إلي فوز وانتصار علي المسيحية أو تحويل التصويت " بلا " إلي وزر ومخالفة للشرع وتمكين للمسيحيين علي المسلمين ولإلغاء المادة الثانية من الدستور وذلك علي خلاف الحقيقة , وما قابله علي الجانب الآخر من جعل التصويت بنعم بمثابة قبول بديكتاتورية الإسلاميين علي مصر وأقباطها. كل ما جري يدفع الجمعية الوطنية للتغيير إلي إدانة كل من تورط في جريمة تديين الخلاف السياسي وصبغه بالطائفية في الاستفتاء الأخير، وتطالب أعضاءها بالتبرؤ بوضوحٍ ممن قاموا بهذه الجريمة، والاصطفاف بصلابةٍ لضمان تحقيق مطالب الثورة في ضرورة قيام دولة ديمقراطية مدنية " لا عسكرية ولا دينية " علي أساس المساواة التامة بين مواطنيها, دون أي تفرقةٍ بينهم علي أساس الدين أو الطائفة أو علي أساس أغلبية أو أقلية. وأكدت الجمعية في بيانها علي أهمية المسارات الوطنية في المرحلة المقبلة والتي منها ان نجاح الثورة في خلع الرئيس السابق حسني مبارك لا يعني أن أهداف الثورة في إسقاط نظامه المستبد الفاسد قد تحققت لأنها تلتزم باستمرار نضالها حتي تنشأ "مصر المستقبل" التي ضحي زهرة شباب مصر بأرواحهم من أجلها. وأكدت الجمعية سعيها إلي بناء ائتلاف مدني ديمقراطي واسع يضم كل المصريين الرافضين لتديين السياسة, والخلط بين الدين والسياسة و بين العمل الدعوي والعمل السياسي , والتي لا تفرق بين الجامع والكنيسة من ناحية وبين الحزب و التجمع السياسي من ناحية أخري , وترحب الجمعية بكل راغب للانضمام إلي هذا الائتلاف المدني من الأحزاب الجديدة والقائمة والشخصيات العامة المصرية بغض النظر عن دينها واتجاهها الأيديولوجي ومن كل الفئات الاجتماعية من أبناء شعبنا في الحضر والريف والبادية. كذلك دعت الجمعية إلي عقد مؤتمر موسع للحوار الوطني يضم كل القوي السياسية المصرية من أجل فتح باب النقاش العام حول مستقبل الثورة وكيفية مواجهة الثورة المضادة التي تريد تصفية الثورة أو اختطافها, وتحديد الموقف من الحشد الجماهيري في ميادين وساحات مصر ووسائل ممارسة الضغط السلمي حتي تحقيق أهداف الثورة التي ألهمت أحرار العالم و زلزلت عروش الطغاة في الوطن العربي بأكمله.