علي الرغم من الجهود المضنية والتي قام بها المهندس صلاح جنيدي المقال من رئاسة هيئة الأوقاف من قبل الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف والذي اصدر ذات القرار بتعيين جنيدي رئيسا للهيئة منذ ثمانية شهور في فترة أعقبت انتهاء حقبة حكم الإخوان وقتها كان يشغل جنيدي مديرا للأوقاف ولكن تلك الفترة وما مرت به مصر جاءت في صالح تعيين جنيدي رئيسا للهيئة وراح بعدها يفتح جنيدي الملفات الشائكة ويقف علي حقيقة الأرقام ليحصر أموال الوقف والتي تقدر بالملايين لم يجد الوزير فرصة لإثبات كفائتة بتولي الوزارة والاهتمام بالشأن الاقتصادي وبحث أموال الوقف فراح جنيدي يطبق القانون ويسترد أموال الوقف فوفر مليار جنيه صافي أرباح الأوقاف للعام الحالي 2014 وقام الوزير باصطحاب جنيدي في كل رحلاته الخارجية والداخلية بل أن الوزير كان دائم المشاركة في اجتماعات الهيئة بالدقي وقام جنيدي بتنفيذ فكرة إقامة الأوقاف العربية ليحصل من خلالها علي منصب الأمين العام وراحت الاتفاقيات مع الدول العربية توقع ورغم الخطوات الجادة التي اتخذها جنيدي لإدارة أموال الوقف وتشغيلها فوجئ الرأي العام باستقالة المهندس صلاح الجنيدي من منصبه كرئيس هيئه الأوقاف، وهي الاستقالة التي قيل أنها جاءت بناء علي طلبه ولكن حسب ما توافر من معلومات فهناك ضغوطا مورست علي الرجل لإجباره علي هذه الاستقالة، خاصة أن الحرب علي رئيس هيئة الأوقاف المستقيل قد بدأت منذ اليوم الأول لتولي منصبه بسبب حملة التطهير الكبري التي قام بها الرجل داخل الهيئة لتطهيرها من الفساد والمفسدين ووقف عمليات النهب المنظم والمستمر لأملاك الدولة، والتي زادت في سنوات الفوضي الأخيرة وتسببت في ضياع أراضي وأملاك الأوقاف، وأعلن وزير الأوقاف أنه كلف المهندس سمير الشال مدير عام هيئة الأوقاف للقيام بأعمال تسيير شئون هيئة الأوقاف لحين تعين رئيس للهيئة حتي لا تتأخر أعمالها والمشروعات التي تقوم بتنفيذها سواء الاستثمارية أو الخدمية أو التنموية ولكن هناك وجهة نظرتقول بأن سبب استقالة جنيدي يرجع إلي رغبته في العمل الخاص، خاصة بعد تقليص مكافآت القيادات في وزارة وهيئة الأوقاف، وبعد إعادة هيكلة الأجور والوظائف بالهيئة، وان الرجل يريد ان يكون قريبا من اسرته وهناك من يري ان سبب الاستقالة في اليافطة التي زينت الهيئة باختيار مختار جمعة شخصية العام وان هذا اثار الوزير نظرا للاموال التي صرفت علي اليافطة يضاف الي ذلك ان جنيدي ربما يعرض عليه منصب هام ولذا جاءت الاستقالة لتحد من نفوذ جنيدي في وقت تشتد فيه الحرب الاعلامية بين وزير الأوقاف الحالي ومشيخة الازهر علي خلفية ما تعرض له الازهر من هجوم وان هناك اتجاها لفصل الأوقاف لتصبح الأوقاف وزارة مستقلة تدير الوقف وتعود الدعوة الي الأزهر.
