أثار القرار الذى أصدره المجلس الأعلى للجامعات بحظر ممارسة أى أنشطة حزبية داخل الجامعات الحكومية الساحة الطلابية والسياسية، فالبعض أكد أن هذا القرار امتداد وإعادة إنتاج للنظام السابق الذى حرم على طلاب الجامعة ممارسة العمل السياسى، فى وقت تعد ممارسة الحياة السياسية من مكتسبات الثورة. والبعض الآخر أكد أن هذا القرار جاء كرد فعل من القيادات الجامعية "الإخوانية"؛ للرد على هزيمة الإخوان المفزعة فى الاتحادات الطلابية، فقرر المجلس إصدار ذلك القرار لقمع بقية الطلاب. وفى هذا السياق أكد الطالب عمر ساهر مسئول طلاب حركة "مقاومة" بجامعة القاهرة أن المجلس الأعلى للجامعات حر في أن يصدر قرارت بحظر ممارسة النشاط الحزبى، وأوضح لكن هذا القرار لن يمنع العمل الطلابى داخل الجامعة. وأكد أن النشاطات الطلابية الحزبية تمارس من قديم الأزل ومن أيام نظام مبارك رغم قمعه، متسائلاً هل سيمعننا نظام الإخوان من ممارستها؟ وأضاف أن الجامعة تعتبر نموذجًا مصغرًا لمصر، وليس من حق أى قيادة منع الطلاب من التعبير عن رأيهم وممارسة نشاطهم الحزبى، خاصة أن هناك لائحة طلابية تؤكد على حق الطالب فى ممارسة النشاط السياسى. وأكد محمد حنفى المنسق لطلاب مصر القوية بجامعة القاهرة أن قرار المجلس الأعلى للجامعات جاء فى الوقت الذى خسر فيه الإخوان فى الاتحاد الطلابى، وهذا ما يثير القلق على الرغم من ترحيب المجلس الأعلى للجامعات بممارسة العمل الحزبى داخل الجامعات فى وقت سابق. وأوضح حنفى أنه يرفض العمل الحزبى داخل الجامعات؛ لأن هناك من يقوم باستغلالها بشكل خاطئ من خلال عمل دعايا للحزب، ولكن العمل السياسى هو حق لكل طالب داخل الجامعة. ومن ناحية أخرى أكد وحيد عبد المجيد الخبير السياسى أن هذا القرار عليه بصمة حكم مبارك ونظامه مثل كل القرارت التى تصدر عن السلطة التنفيذية برئاستها وحكومتها تدير البلاد بعقلية حسن مبارك ومنهجه، وهذا ما لم يقبله الطلاب الجامعيون؛ لأنهم كانوا من أهم الشباب الذين شاركوا فى الثورة. وأوضح عبد المجيد أن على المجلس الأعلى للجامعات أن يفهم ويدرك أن الشباب لن يقبلوا بقمعهم فى ممارسة العمل السياسى، وأنه يجب على ذلك المجلس أن يكون مع الجامعات ومع الطلاب وليس ضدهم، مشيرًا إلى أنه من العيب أن يتلقى أساتذة الجامعة أمورًا معيبة من نظام فقد شرعيته. واضاف "هناك فرق بين العمل الحزبى والسياسى، فالعمل الحزبى هو امتداد لانتماء الطلاب للأحزاب المختلفة، والعمل السياسى هو تجربة ناجحة على مر السنوات كانت وراء تغير الدساتير ورفض نكسة 1967". ومن جانبه أكد جمال زهران أستاذ العلوم السياسية أن "هذا القرار إخوانى، ويعيد إلينا الوجه القبيح لنظام مبارك الذى كان يحظر العمل السياسى داخل الجامعات"، على حد قوله، موضحًا أن "هذا القرار يستهدف إعادة الجامعات إلى حظيرة النظام الحاكم، وهذا هو القهر الحقيقى للشباب؛ لأن الثورة قامت من أجل مزيد من الحرية، وما يفعلونه الآن هو تعارض مع تطلعات الثورة المصرية". وأشار زهران إلى إن المجلس الأعلى للجامعات غير وصى على الطلاب، ولا يستطيع قمعهم، مؤكدًا أن الحركات الطلابية هى أساس التغيير والعمل السياسى على مدى سنوات طويلة. وقال "إن هذا القرار جاء ليعبر عن فضيحة الإخوان الكبرى بعد هزيمتهم المفزعة فى انتخابات الاتحادات الطلابية فى كل جامعات مصر".