تأرجحت العلاقة بين جماعة الإخوان المسلمين، وعضو مكتب إرشادها السابق، الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح، الذي رشح نفسه للرئاسة، ما بين الهجوم الشديد عليه في البداية، واعتباره "رجلاً وطنيا صاحب رؤية" في جولة الإعادة بعد إعلان أبو الفتوح دعمه لمحمد مرسي، مرشح الجماعة في مواجهة أحمد شفيق. خرج أبو الفتوح من الجماعة باعتباره "خالف الشورى"، وقرر الترشح رغم قرار الجماعة بمنع أعضائها من الترشح للرئاسة، وهو القرار نفسه الذي خالفته الجماعة، ف"التهمة" التي فصل من أجلها أبو الفتوح، ارتكبتها الجماعة بترشيح 2 من قياداتها للمنصب نفسه، هما خيرت الشاطر، المرشح المستبعد، ومحمد مرسي المرشح الحالي. هجوم الجماعة على أبو الفتوح لم يكن "سياسياً" فقط، فالجماعة وعلى موقعها الرسمي اعتبرت أبو الفتوح "خرج على البيعة مع الله"، وحذرت من أنه "خطر على الإسلام في مصر" وأن "أفكاره ضد تطبيق الشريعة الإسلامية"، حسبما قال المهندس مجدي فتحي عضو المكتب الإداري للجماعة بمحافظة البحيرة في أحدي جلسات "توضيح الرؤية" التي أجرتها الجماعة مع جميع أعضائها قبل أسبوع من انطلاق سباق الانتخابات الرئاسية في جولتها الأولى. المهندس مجدي فتحي قال في الجلسة التي سجلت بالفيديو إن الدكتور أبو الفتوح "لا يؤمن بالعمل الجماعي ولا المؤسسات ويرفض الديمقراطية, وأول إن وصل للحكم هو حل الجماعة, وهيمنع الطرحة اللي أن لابساها البنت, وهيقولك ما تقعديش في الجامع, وهيرجع زي أيام جمال عبد الناصر, هيرجع أيام جمال عبد الناصر واللي هيخش الجامع ويقرأ قرآن هيخش السجن". لم يكن هذا هو الموقف الهجومي الوحيد من قيادات الجماعة علي الدكتور أبو الفتوح, ولكن هناك فيديو أيضا تم تسريبه من أحدي لقاءات الأسر الإخوانية يهاجم فيها رئيس المكتب الإداري للجماعة أبو الفتوح ويصفه أنه "أحادي النزعة ومتورط في قضايا فساد مالي باتحاد الأطباء العرب وله لقاءات وعلاقات بعلاء وجمال مبارك وكان مؤيد للتوريث, وعلي علاقات قوية بمسئولين أمريكيين وإسرائيلين, وديكتاتور ويهدد الثورة". ولكن كان هذا قبل الانتخابات الرئاسية التي اخفق فيها أبو الفتوح وجاء في الترتيب الرابع بعد مرسي وشفيق وحمدين صباحي, بعد خروج أبو الفتوح من السباق الرئاسي ومع احتياج الاخوان المسلمين لكل صوت ذهب لابو الفتوح وكل مؤيديه, تغيرت لهجة قيادات الجماعة تجاهه, بعد سيل من الاتهامات التي اطلقها قيادات الجماعة في حقه دون تقديم أي دليل عليها, أصبح أبو الفتوح بين ليلة وضحاها في نظر الجماعة "رجل وطني صاحب رؤية". والتغير اصبح أكثر وضوحا بعد أن أعلن أبو الفتوح وحملته دعمهم وتأيديهم للدكتور مرسي في سباق الاعادة بعد 4 أيام, حيث وصف الحرية والعدالة أبو الفتوح أنه "رجل وطني ولا يسعهم تقديم الشكر له علي هذا الموقف وهذا الدعم, وأنهم لا يستغربون الوطني من الدكتور عبد المنعم". وأضافة لذلك, ظل مساء أمس الدكتور أحمد عبد العاطي علي مدار ساعة كاملة يمدح في الدكتور أبو الفتوح بعد اعلانه دعم مرسي, حيث قال أنه " موقف متوقع لانه يأتي في نسيج الجماعة الوطنية المصرية, وأن د.أبو الفتوح يضيف لنا كحملة وهو موقف لا يخرج عن السياق الوطني العام وله كل الشكر والتحية علي هذا الموقف". الأمر لم يتوقف عن ذلك الحد, بل وصل إلي تصريحات الدكتور محمد مرسي نفسه, بعد وصف مرسي وحديثه عن أبو الفتوح وكأنه "آثم" لخروجه عن الصف, وحديث المرشد العام الدكتور محمد بديع نفسه عن أبو الفتوح والتلميحات المستمرة بأن مرسي أفضل من ابو الفتوح لان الأخير "خرج علي البيعة" بينما مرسي لما يفعل، وحاليا تراجع مرسي عن كل ذلك وقال إنه "حريص علي وجود أبو الفتوح كنائب" لرئيس الجمهورية في حالة فوزه في جولة الإعادة المقررة يومي 16 و17 من الشهر الجاري.
