تدرس المنطقة الاقتصادية لقناة السويس مع وزارة المالية وضع إجراءات جمركية خاصة لموانئ شرق بورسعيد والسخنة، تختلف عن الموانئ الأخرى التابعة للهيئة. وأكد رئيس المنطقة الاقتصادية لقناة السويس الدكتور أحمد درويش، أنه يدرس حاليا بالتنسيق مع وزير المالية عمرو الجارحي في هذاالصدد. وذكر أن المينائين يتمتعان بظهير صناعي يستوجب تحفيز المستثمر وإيجاد حلول نموذجية للعوائق الجمركية التي تواجه المستثمرين في مصر والتى ينظمها قرار وزير المالية رقم 10 لسنة 2006.