رحب الدكتور مصطفى الفقى باختيار الدكتور نبيل العربى أمينا عاما لجامعة الدول العربية معبرا عن سعادته للوصول إلى توافق عربى حول هذا المنصب. وأشار الفقى ان إعتراض قطر على شخصه هو الذي أدى الى سحب ترشيحه لمنصب الامين العام ، مرحبا بسحب ترشيحه فى حالة وجود مرشح مصرى مؤكدا على ضرورة ان يتولى المنصب مصريا كما كان من قبل. وقد كان الفقى اشار منذ عدة ايام على اهمية بقاء المنصب فى مصر بغض النظر عن حصوله عليه تحديداً وقال صراحة: "إننى اتمنى سحب ترشيحى لكى اكون جزءا من حل مشكلة التوافق العربى فى هذه الظروف الصعبة التى تمر بها الامة العربية". وقد صرح مصدر قريب من الدكتور الفقى انه ينتوى فى المرحلة المقبلة الاهتمام بالعمل الأكاديمي والتدريب الجامعي مع المتابعة الدائمة للحياه السياسية المصرية والشأن العربى ومواصلة كتابة مقالاته فى الحياه اللندنية والأحرار والمصري اليوم وإصدار كتبه الجديدة التى يعكف على إتمامها منذ مدة . يذكر ان وزير الخارجية السوداني على كرتي اكد أن بلاده ترفض اعتذار الدكتور مصطفى الفقي لأنه من الصعب قبول اعتذار شخص "شتم" رئيس الجمهورية والحزب الحاكم وأفراده متهما الفقى بكره الإسلاميين. وعلى صعيد متصل ،أكدت الأمانة العامة لجامعة الدول العربية أن قرارإلغاء تجديد تعيين رئيس الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحريصدر من المجلس الاقتصادي والاجتماعي باعتبار أن المجلس هو المشرف على المنظمات العربية المتخصصة ،وأن هذا القرار اتخذ بناء على طلب من مصر. كما أعربت الأمانة العامة -في بيان صحفي صدر الإثنين عن استغرابها للادعاءات المثارة حول هذا الموضوع ، مؤكدة أنها تنأى بنفسها عن اتخاذ أية قرارات مخالفة لمرجعياتها القانونية المتمثلة في المجلس الاقتصادي والاجتماعي والذي يعتبر المرجعية القومية لمؤسسات العمل العربي المشترك ومن ضمنها الأكاديمية. وأشارت إلى أن طلب مصر وقرار المجلس الاقتصادي والاجتماعي المشار إليه هو جزء من محاربة كل أشكال الفساد مؤكدة أنها ترفض كافة محاولات تعديلهما أو تعطيلهما. وذكر البيان أن القرار رقم 1869 الصادر عن المجلس حول الأوضاع في الأكاديمية وما دار حول وجود مخالفات مالية وإدارية في الأكاديمية , نص على تشكيل لجنة تحقيق من الجهات الرقابية المالية والإدارية في المملكة العربية السعودية والجمهورية العربية السورية ودولة الكويت وجمهورية مصر العربية والمملكة المغربية للنظر فيما أثير عن وجود مخالفات إدارية ومالية لأنظمة الجامعة العربية وأنظمة المجلس الاقتصادي والاجتماعي.
