بدأت المنظومة الطبية في جامعة المنصورة مع إنشاء مركز الكلي بفكر وعقل ومجهود الدكتور محمد غنيم الذي حارب من أجل إتمام هذا الصرح الطبي الكبير والذي وضع أسسه وجله من أقوي المراكز الطبية في الشرق الأوسط حتي بعد أن ترك رئاسته فقد بقي المركز بشموخه ويتطور كل يوم ليسبق التطور الطبي العالمي في علاج وجراحة الكلي والمسالك البولية، وجاء بعده مركز الجهاز الهضمي الذي أسسه الدكتور فاروق رضوان ثم مستشفي الطوارئ والذي من كثرة العبء عليه احتاج للتأهيل أكثر من مرة لأنه لا يخدم محافظة الدقهلية فقط وإنما يخدم محافظات الدلتا بالكامل وجاءت بعده سلسلة من المراكز الطبية المتخصصة، وهي مستشفيات طب الأطفال والعيون و الأورام لتصل سعة هذه المراكز إلي 2500 سرير، وتستقبل يومياً آلاف المرضي إما للكشف أو التشخيص أو إجراء الجراحات. وقد اشتهرت المنصورة في مجال الطب لدرجة أن كل باحث عن العلاج سواء من داخل مصر أو الدول العربية يسعي إلي مراكزها المتخصصة، خاصة أن الذين يقومون بالعمل فيها نخبة من العلماء والذين أثبتوا كفاءتهم وأخذوا شهرتهم من أدائهم المتفرد بين المحافظات المجاورة، حتي إن المرضي من المحافظات المجاورة يحضرون إلي أساتذة المنصورة في عياداتهم الخاصة. وابتكرت جامعة المنصورة نظام «تفرغ الأساتذة» والذي بدأه الدكتور محمد غنيم، حيث حرص علي تفرغ العاملين معه للعمل بالمركز فقط دون السماح لهم بامتلاك عيادات خاصة، وتبعته بعد ذلك المراكز الطبية ولكنها لم تنجح فيما فعله غنيم فقد وضعت شرط التفرغ اختيارياً وجعلته إجبارياً فقط علي المدير ونائبه مما يجعل الأساتذة مشغولون بأعمالهم الخاصة سواء في عياداتهم أو مستشفياتهم وذلك لعدم وجود عائد مادي كبير يعوضهم في حالة التفرغ. وبسبب الضغط الهائل علي هذه المراكز وبسبب مجانية الإقامة فيها بدأت الجامعة تحل محل مستشفيات وزارة الصحة لعلاج المواطنين مع أن مستشفيات الجامعات تكون تعليمية فقط ولكن بسبب تميز مستشفيات جامعة المنصورة أصبح المريض ينشد العلاج فيها. وهذا التفوق جعل أساتذة جامعة المنصورة يشاركون في المنتديات الطبية العالمية إلا أن هذه المراكز وقدرتها علي مواصلة أداء رسالتها تحتاج إلي الدعم والكثير من الموارد المالية لتتمكن من الاستمرار.