لا شيء يلفت الانتباه داخل أروقة ديوان محافظة قنا ومبني محافظة الأقصر سوي تفاصيل وخطط إدارة الصراع بين المحافظتين، وذلك بالرغم من السرية التي يحاول المحافظان فرضها علي تفاصيل الصراع المشتعل بينهما منذ صدور القرار الجمهوري بتحويل الأقصر إلي محافظة، وذلك بعكس تصريحات اللواء مجدي أيوب إسكندر - محافظ قنا - والدكتور سمير فرج - محافظ الأقصر -، والتي يؤكد فيها إسكندر وفرج أنه لا خلاف ولا صراع بينهما. لكن من الواضح أن المنتصر في تلك المعارك والصراعات هي الأقصر ومحافظها الدكتور سمير فرج الذي نجح في تحقيق ما يريد لمحافظته الوليدة عبر رؤية علمية وجهد دءوب وصبر علي سير الأحداث قد لا يمتلكه محافظ قنا اللواء مجدي أيوب، والذي أثر انشغاله بأحداث نجع حمادي بالسلب في معركته مع الأقصر ومحافظها. وكان أول تلك الصراعات هو المعركة التي تفجرت بعد يوم واحد من صدور القرار الجمهوري بتحويل الأقصر إلي محافظة حين حاولت محافظة قنا استرداد ما يمكنها استرداده من عهد وسيارات ومعدات بمدينتي إسنا وأرمنت وإرسال المحافظة تعليمات إلي الإدارات المختلفة بإرسال جميع السيارات والمعدات بأرمنت وإسنا إلي الحملة الميكانيكية لمحافظة قنا بدعوي صيانتها وقيام مديرية تموين قنا بسحب 37 طن دقيق من حصص قرية أصفون وقيام مديرية الشئون الصحية بإلغاء قافلة طبية لإسنا وسحب لودر من حملة مجلس مدينة إسنا؛ حيث هدد الدكتور سمير فرج بإحالة من يفرط في عهد إسنا وأرمنت إلي النيابة العامة، وقام بتعيين رئيسين جديدين لإسنا وأرمنت بعد تردد أحاديث عن ولاء رئيسي المدينتين السابقتين لمحافظ قنا. ثم نشبت الأزمة التي كان بطلها سبعة من أبناء مدينة أرمنت والذين دخلوا في إضراب مفتوح عن الطعام بعد أن فوجئوا باستبعادهم من كشوف المعينين الجدد بشركة قنا لمياه الشرب والصرف الصحي والذين أعلنوا ضمن كشوف المعينين ثم تم استبعادهم من الكشوف برغم تحديد موعد توقيعهم علي عقود التعيين وتسلم العمل، وجاء الاستبعاد فور صدور قرار ضم أرمنت وإسنا لمحافظة الأقصر؛ حيث فشلت كل محاولات مسئولي الأقصر لاستكمال إجراءات تعيينهم ووافق العميد ماجد أبوالليل - رئيس مدينة أرمنت - علي تعيينهم بوظائف مؤقتة بمجلس المدينة تعاطفًا معهم. وكان آخر مظاهر الخلاف بين محافظتي قناوالأقصر هو المعركة الدائرة بين اللواء مجدي أيوب محافظ قنا ،والدكتور سمير فرج محافظ الأقصر علي قرية خزام الواقعة شمال الأقصر وظهيرها الصحراوي؛ حيث يسعي الدكتور سمير فرج لضمها إلي الأقصر كونها تمثل الظهير الصحراوي والامتداد الطبيعي لمدينة طيبة الجديدة الواقعة داخل حدود محافظة الأقصر. فيما يتمسك اللواء مجدي أيوب محافظ قنا بقرية خزام وظهيرها الصحراوي رافضًا ضمها للأقصر ومعترضًا علي تقطيع أوصال المحافظة من أجل عيون الأقصر. أما أهالي قرية خزام فلهم رأي آخر مؤيد للدكتور سمير فرج - محافظ الأقصر - حيث طالبوا في مذكرات متتالية للدكتور أحمد نظيف - رئيس الوزراء - واللواء عبدالسلام المحجوب - وزير التنمية المحلية - بفصلهم عن مركز قوص ومحافظة قنا وضمهم إلي مركز الزينية بمحافظة الأقصر. وجاء في مذكرات أهالي خزام والتي طالبوا فيها بضمهم للأقصر: «قرية خزام متداخلة مع محافظة الأقصر ومدينة طيبة الجديدة وجميع مرافق وشوارع مدخل مدينة طيبة في قرية خزام وأنشئت مدينة طيبة علي مساحة 2000 فدان بالأراضي الصحراوية التابعة لقرية خزام، ورغم ذلك لم نستفد بصفتنا أصحاب الأرض بالانضمام إلي محافظة الأقصر، ونحن الأهالي بقرية خزام نطالب سيادتكم تحقيق رغبتنا في الانضمام إلي محافظة الأقصر أسوة بمركزة أرمنت وإسنا ونحن الأحق في الانضمام إلي محافظة الأقصر نظرًا إلي تداخل خزام في حدود محافظة الأقصرالجديدة».