أكد عدد من السياسيين ونشطاء المجتمع المدني أن الطريقة التي تمت بها معالجة حادث نجع حمادي بمثابة دعوة صريحة لارتكاب مذبحة جديدة، كما أكد المشاركون في الندوة التي نظمها مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان بعنوان «ما الذي يجب عمله لمنع مذبحة جديدة بعد نجع حمادي؟!» أن ملف الأحداث الطائفية هو ملف احتكاري يديره الأمن ولا يريد أن تشاركه فيه أي من فئات المجتمع. وأكد الدكتور «عصام العريان» عضو مكتب الإرشاد بجماعة الإخوان المسلمين أن إدارة الدولة هذا الملف الخطير ملف الفتنة الطائفية إدارة غبية لملف في غاية الخطورة، ففي الوقت الذي تحتكر فيه الدولة والأمن إدارة ومعالجة هذا الملف الخطير، لا توجد لديها أي نية لإنهائه بل تديره بطريقة المحتكر الذي يرفض الحلول أو مشاركة أي من أطياف المجتمع الأخري. وانتقد العريان ما وصفه بالانحرافات الفقهية التي جرت علي الساحة وانتشرت في المجتمع في ظل تشجيع الدولة هذه الانحرافات التي تحض علي الكراهية، وأضاف أن الرئيس تحدث في خطابه الأخير بلغة فيها نقد للمثقفين وتوجيه اللوم للأزهر والكنيسة، وطالب بضرورة تنفيذ القانون وتطبيق العدالة، ونحن نقول له: كيف تكون هناك عدالة ناجزة كما تقول إذا كانت الدولة لا تحترم القانون ولا تنفذ أحكام القضاء؟!، أيضاً كيف تطلب من المثقفين وفئات المجتمع أن يتحركوا في الوقت الذي يُحاصر فيه الجميع سواء كانوا مثقفين أو مجتمعاً مدنياً، فالجميع محاصر ولا يستطيع التحرك؟! من جانبه قال «بهي الدين حسن» مدير مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان إنه لم تتم محاسبة أي شخص خلال العام الماضي ثبت تورطه في جرائم طائفية وأحداث عنف طائفي، مما يعد رسالة صريحة من النظام بالسماح بتكرار هذه الجرائم، مشيراً إلي أن الأسلوب الذي عالجت به الدولة أحداث نجع حمادي الأخيرة هو أيضاً دعوة لارتكاب مذبحة جديدة. فيما أعرب «جورج إسحق» القيادي بحركة كفاية عن حزنه الشديد علي التدهور في العلاقة بين الجماعة الوطنية، والتي وصلت لمستوي منحط، مؤكداً أن غياب الإرادة السياسية في إنهاء المشاكل الطائفية هو السبب في تكرار تلك الحوادث.