منذ أن تولي أمين أباظة - وزير الزراعة - منصبه الوزاري، والأزمات تحاصره من كل جانب، ففي عام 2006 دخل مرض إنفلونزا الطيور مصر، علي الرغم من تزامن دخول المرض مصر مع كل من الأردن وإسرائيل، فإن كلاً منهما نجحت في القضاء عليه، لكن مصر وبحسب الخبراء لم تنجح في مواجهة المرض وذلك بسبب عدم وضع وزارة الزراعة لخطة حقيقية تواجه المرض. وفي كل صيف تشتد أزمة فشل الفلاحين في تسويق أقطانهم، حيث تتكدس الأقطان لدي الفلاحين، ويري بعض الخبراء أن أباظة شخصيا له دور في هذه الأزمة، حيث يمتلك أباظة شركة لتجارة القطن تعد من بين أكبر أربع شركات تعمل في مجال تجارة القطن، تعمل هذه الشركات علي شراء القطن من الفلاحين بأبخس الأسعار، وبالتالي يلجأ الفلاحون إلي تخزين القطن في منازلهم لحين ارتفاع أسعاره التي لا ترتفع أبدا عن الأسعار التي تحددها هذه الشركات، ثم يضطرون في النهاية لبيع الأقطان إلي هذه الشركات. ولكن أباظة ينفي هذا الأمر ويؤكد أنه فور توليه منصبه الوزاري قام ببيع شركة القطن التي كان يمتلكها. وكذلك واجه أباظة أزمة الأسمدة التي تشتد مع بداية موسمي الزراعة الصيفي والشتوي، حيث يصل سعر شيكارة السماد في بعض أوقات الأزمة إلي 150 جنيهاً، في حين أن سعرها في الوضع الطبيعي لا يتجاوز 75 جنيهاً. أما الأزمة الجديدة التي يواجهها أباظة حاليا فهي ما تردد من أن الفاكهة والخضراوات في مصر مسممة نتيجة استخدام مياه ري ملوثة، واستخدام مبيدات محظورة دوليا، عن هذه الأزمة يري بعض الخبراء أن مصر تستخدم مبيدات محظورة دوليا في مكافحة آفات المحاصيل الزراعية فيها، كان الوزير السابق أحمد الليثي قد حظرها لكن أباظة هو الذي اتخذ قراراً بعودة العمل بهذه المبيدات في مصر، في المقابل يري أباظة أن مصر لا تستخدم أي مبيدات محظورة دولياً، ليس معني أن مصر - بحسب رأيه - إذا كانت تستخدم مبيدات غير مستخدمة في دول أخري أن هذه المبيدات محظورة، ويؤكد أباظة أن استخدام المبيدات في مصر يخضع لقواعد صارمة لا تسمح باستخدام أي مبيدات محظورة.