قدم شيخ الأزهر تقريره العلمي والفقهي في المؤلفات التي أصدرها كل من سيد القمني والدكتور حسن حنفي إلي محكمة القضاء الإداري في القضية المرفوعة من الشيخ يوسف البدري والمحامي ثروت الخرباوي ضد وزير الثقافة وشيخ الأزهر للمطالبة بمنع نشر كتب القمني وحنفي. وجاء في التقرير الصادر عن مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر والموقع من الشيخ علي عبد الباقي أمين عام المجمع وضياء محمد مدير عام البحوث والتأليف بالأزهر أن كتب سيد القمني وعددها 12 كتاباً تتضمن طعناً وتحريفاً وتكذيباً في حق الصحابة وأمهات المؤمنين والعلماء والفقهاء، والادعاء أن سيدنا عمر بن الخطاب نسخ أحكام آيات القرآن الكريم وأن شريعة الإسلام لا تصلح لكل زمان ومكان؛ بل تتضمن أن الإسلام ظل يحكم طوال تاريخه بقانون الطوارئ ، وأن الوطنية كفر، كما تؤكد مؤلفات القمني أن قصة آدم في الجنة من الأساطير وأن الإسلام نزعة قومية ترتبط بمصالح اقتصادية وأن النبي محمد صلي الله عليه وسلم عمل علي تحقيق حلم جده بزعامة قريش، كما أشار تقرير الأزهر إلي أن مؤلفات القمني تحتوي علي قصص تتعلق بتعدد الآلهة ونقد وتجريح للأنبياء خاصة سيدنا يوسف صلي الله عليه وسلم. أما مؤلفات الدكتور حسن حنفي فقد أكد تقرير الأزهر أن 3 مؤلفات أصدرها حنفي تزعم تحريف نصوص القرآن وأن البشر ليسوا في حاجة للأنبياء والرسل وأن نصوص الشرع تهدر مصالح الناس، وأكد تقرير الأزهر أن كتاب «التراث والتجديد» يهدف إلي الانتصار لليسار الشيوعي والفكر الوجودي والنيل من الإسلام وعلماء الدين، وأن الدعوة الإسلامية غير ملائمة للعصر الحديث. الجدير بالذكر أن الأزمة تفجرت عقب قيام وزارة الثقافة بمنح الجائزة التقديرية في العام الماضي لسيد القمني، حيث تلقي مكتب النائب العام ومحكمة القضاء الإداري عدداً من الدعاوي القضائية للمطالبة بعدم تسليم الجائزة له استنادا إلي أن مؤلفاته تسيء للإسلام واختصمت هذه الدعاوي شيخ الأزهر وطالبته بإعلان موقفه من هذه المؤلفات.