فى 24 يوليو 2012 أى منذ نحو 10 أشهر، كلف مرسى الدكتور هشام قنديل برئاسة مجلس الوزراء، ورغم حالة الاستياء التى عمت المجتمع وقتها والاعتراضات على قنديل القادم من وزارة الرى، باعتباره لا يملك الخبرات أو المؤهلات الكافية التى تمكنه من شغل هذا المنصب الرفيع، خصوصا فى هذه المرحلة الحساسة التى تمر بها مصر. مؤسسة الرئاسة وعلى لسان متحدثها الرسمى وقتها الدكتور ياسر على، بررت سبب اختبار قنديل بأنه يحمل أهم ملفات مصر والذى يمس الأمن القومى وهو ملف مياه النيل، إضافة إلى أنه شخص كفء. لكن بعد مرور عشرة أشهر على تولى قنديل رئاسة الحكومة لم نسمعه يتحدث كثيرا عن هذا الملف، والأهم من ذلك المرحلة المتقدمة التى وصل إليها ملف ماء النيل بعد إعلان إثيوبيا البدء فى تحويل مجرى النيل والمضى قدما فى بناء سد النهضة، رغم اعتراضات مصر على ذلك وعدم التوصل إلى توافق حول المشروع، وهو ما اعتبره الكثيرون «فشلا» ذريعا لقنديل فى تحقيق المهمة المطلوبة منه، ليبقى السؤال قائما: ما سر الإبقاء على الدكتور هشام قنديل رئيسا للوزراء حتى الآن؟
الدكتور وحيد عبد المجيد مستشار مركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، قال إن أزمة هشام قنديل أكبر من موضوع المياه، فمشكلته هى أن كل القضايا أكبر منه، وهو غير مدرك طبيعة دور الحكومة فى هذه المرحلة، قائلا لا يصح اختزال مشكلة هشام قنديل فى ملف المياه، فهو مشكلته فى دور الحكومة كله وليس ملفا بعينه.
عبد المجيد أضاف أنه لهذا السبب طالبت المعارضة أكثر من مرة بتغييره وتشكيل حكومة لها رؤية واضحة، وبرنامج تتبناه وخطة تعمل عليها وتكون قادرة على مواجهه الأزمات التى نمر بها حاليا.
الدكتور يسرى العزباوى الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، قال إن الاخوان متمسكون بقنديل لأنه «لا بيحل ولا بيربط»، مضيفا أن الإخوان ينظرون للدكتور هشام قنديل على أنه يسمع جيدا ويطيع الأوامر التى تصدر له، وإن الإبقاء عليه ضرورة ملحة فى هذه المرحلة لأنه منفذ جيد لسياسات الإخوان المسلمين.
العزباوى أوضح أن الإخوان لا يريدون أن يأتوا برئيس وزراء له رؤية ولديه سياسات، فهم لا يريدون شخصا يكون ندا لهم أو لا ينفذ سياساتهم.
الدكتور عمرو هاشم ربيع الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، قال إن الشىء الوحيد الذى اختير على أساسه الدكتور هشام قنديل ويفهم فيه وهو قضية المياه لم يتحدث فيها، قائلا «يعنى الحاجة الوحيدة اللى الراجل بيفهم فيها ماتكلمش فيها، طب إزاى؟ أعتقد أن هذا شىء سيئ»، مضيفا أن الدكتور هشام قنديل يعمل رئيس مجلس الوزراء وليس رئيسا للوزراء، أى أنه يقوم بتنظيم جلسات المجلس ورئاستها ولا علاقة لها بوضع سياساته ولا برامجه.
ربيع أوضح أنه يعتقد أن سر إبقاء الإخوان على الدكتور هشام قنديل هو «تظبيط» موضوع الانتخابات و«كيد» المعارضة التى ترى أنه لا يصلح لهذه المرحلة.