قال الشيخ مظهر شاهين، إنه تعرض للإيقاف عن العمل، وذلك بسبب موقفه من أخونة الأزهر والدولة ودفاعه عن الأزهر ومشيخته وشيخه، فقد أصدر وزير الأوقاف قرارا بإيقافه عن العمل قبل أن يجرى أى تحقيقات مع شاهين، وانتدب للعمل أحد الأئمة التابعين لجماعة الإخوان المسلمين بدون سابق أى إنذار أو تحقيق وبالمخالفة للقانون فى محاولة للتخلص من شاهين. وأضاف شاهين، فى بيان له، أنه تعرض لذلك نظرا لمواقفه المعارضة، وتنفيذا لأوامر مكتب الإرشاد الذى يدير وزارة الأوقاف، مؤكدا على أنه سيتخذ التدابير القانونية اللازمة حيال ذلك ولن يتراجع عن مواقفه الثورية مهما كان الثمن، قائلا "والثورة مستمرة".