انتهت لجنة نظام الحكم بتأسيسية الدستور إلى الاستقرار على أن يصبح شكل الحكم في مصر على غرار النظام الفرنسي المختلط، أي أن يكون أقرب للنظام الرئاسي، حيث يتقاسم صلاحيات السلطة التنفيذية كل من رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء؛ فيتولى رئيس الجمهورية صلاحيات الأمن القومي، بينما رئيس الحكومة سيتولى تنظيم الأمور الداخلية. وصرّح الدكتور محمد محيي الدين -مقرر لجنة الدفاع والأمن القومي بلجنة نظام الحكم- أنه تم الاتفاق على أن يكون هناك مجلسان تشريعيان، على أن يتغير اسماهما إلى "الشيوخ" و"النواب"، حيث يختصّ مجلس النواب بمناقشة الموازنة العامة ومشروعات القوانين والضرائب، بينما يختصّ مجلس الشيوخ بإقرار التعيينات الرئاسية في بعض المواقع، وتقوية اللامركزية والإدارة المحلية، طبقًا لما أوردته بوابة الشروق.
وأكد محيي الدين انتهاء اللجنة من مناقشة الوضع المتعلق بالقوات المسلحة داخل الدستور، حيث اتفقوا على الحفاظ على سرية ميزانيتها ومناقشتها كرقم واحد داخل مجلس النواب، في الوقت الذي سيتم مناقشتها تفصيليا داخل مجلس الدفاع الوطني. وأشار مقرر لجنة الدفاع والأمن القومي إلى أن لجنة السلطة القضائية لم تستقر بعد على ضمّ القضاء العسكري إلى باب السلطة القضائية أم لا، وأشار إلى أن اللواء ممدوح شاهين -عضو الجمعية التأسيسية للدستور- قد أكد أنه تم إلغاء التصديق على الأحكام العسكرية، وإضافة درجة ثانية من التقاضي أمام القضاء العسكري؛ بحيث يقبل مبدأ التنازع في الاختصاص، وأنهم اتفقوا على إلغاء المادة السادسة التي كانت تسمح لرئيس الجمهورية إحالة من يشاء إلى القضاء العسكري، وبهذا، وطبقًا لوجهة نظر شاهين، يكون القضاء العسكري قد بدأ مرحلة إصلاح حقيقية تستند إلى وضعه في باب السلطة القضائية؛ لكي يتم إغلاق الباب أمام المشرّع وأمام السلطة التنفيذية لاستغلال القضاء العسكري فيما ليس له به علاقة.