إنتهت لجنة نظام الحكم من المواد المتعلقة بنظام الحكم، حيث استقرت على إن يكون الحكم على النظام الفرنسى المختلط، وهو أقرب للنظام الرئاسى، بحيث يتقاسم رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء صلاحيات السلطة التنفيذية فيكون لرئيس الجمهورية صلاحيات الأمن القومى ويتولى رئيس الوزراء الأمور الداخلية. وكشف الدكتور محمد محيى الدين مقرر لجنة الدفاع والأمن القومى بلجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور أنه تم التوافق داخل اللجنة فيما يخص باب السلطة التشريعية على وجود مجلسين للنواب والشيوخ بكامل الصلاحيات التشريعية لكل منهما، على إن يتميز كل منهما على الآخر فى بعض الصلاحيات، بأن يختص النواب بالموازنة وفرض الضرائب، ويختص مجلس الشيوخ بإقرار التعيينات الرئاسية فى بعض المواقع، وتقوية اللامركزية والإدارة المحلية. وأوضح أن اللجنة انتهت أيضا من المواد الخاصة بوضع القوات المسلحة، من حيث ميزانيتها والحفاظ على سريتها ومناقشتها كرقم واحد داخل البرلمان، فى حين تتم مناقشتها تفصيليا داخل مجلس الدفاع الوطنى، فضلا على التوافق على بعض المواد الأخرى الخاصة بقرارات الحرب وأهمية مشاورة القوات المسلحة قبل أخذ رئيس الجمهورية قرارًا بالحرب، وضرورة موافقتها، كما كشف عن أهم ما توصلت إليه اللجنة فيما يخص إلحاق القضاء العسكرى بباب السلطة القضائية. وقال محيى الدين: إن آراء أعضاء اللجنة انقسمت حول هذه القضية، حيث أيد البعض وضع القضاء العسكرى فى باب السلطة القضائية، لأنه سيترتب عليه تغيير كل التشريعات بما يحقق كل ضمانات المحاكمات العادلة أمام القضاء العسكرى، ويمنع محاكمة المدنيين، إلا أمام قاضيهم الطبيعى، فى حين ذهب الرأى الآخر إلى أنه من الأفضل بقاء القضاء العسكرى فى فصل القوات المسلحة. وكشف محيى الدين عن أن اللواء ممدوح شاهين عضو الجمعية التأسيسية وعضو المجلس الأعلى للقوات المسلحة أخبرهم بأنه قد تم إلغاء التصديق على الأحكام العسكرية، وإضافة درجة ثانية من التقاضى أمام القضاء العسكرى، بحيث يقبل مبدأ التنازع فى الاختصاص، وأنه تم إلغاء المادة السادسة التى كانت تتيح لرئيس الجمهورية إحالة من يراه للقضاء العسكرى، ومن ثم وطبقا لوجهة نظره فإن القضاء العسكرى بدأ مرحلة إصلاح وهيكلة حقيقية تستند إلى وضعه فى باب السلطة القضائية، لكى يتم إغلاق الباب أمام المشرع وأمام السلطة التنفيذية لاستغلال القضاء العسكرى فيما ليس له به علاقة. كما أضاف أنه تم التوصل أيضًا فى باب السلطة القضائية إلى بعض الأحكام العامة والفصول المتعددة لكل مكونات السلطة والهيئات القضائية، حيث تم التوافق على إدراج النيابة الإدارية ضمن الهيئات القضائية مع إعطائها اختصاصات حقيقية لمكافحة الفساد، وتم وضع تصور لتحويل هيئة قضايا الدولة إلى نيابة مدنية لتخفيف الضغط على القضاء لتقليل زمن التقاضى. يذكر أن رئيس المجلس الأعلى للقضاء أرسل خطابًا للجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور رافضًا خلاله دمج الهيئات القضائية فى القضاء العادى، وهو المطلب الذى طالب به ممثلو هيئة قضايا الدولة، إلا أن المصادر أكدت أن ذلك الخطاب غير ملزم للجمعية التأسيسية، وأن الجمعية تدرس جميع الجوانب ووجهتى النظر والاستقرار على الأصلح، حيث تراعى الجمعية الصالح العام.
