اعترض حزب الحرية والعدالة -التابع لجماعة الإخوان المسلمين- وحزب النور السلفي على النتائج التي أظهرتها عملية الفرز بمحافظة الإسماعيلية؛ مما اضطر اللجنة العليا للانتخابات إلى إعادة عملية فرز الأصوات مرة أخرى. وكان الحزبان قد اتهما اللجنة بالتغاضي عن أعمال تزوير تمّت في عمليات الرصد؛ فقرر المستشار مصطفى محمد مصطفى -رئيس اللجنة العليا للانتخابات بالإسماعيلية- إعادة فرز الأصوات مرة أخرى، بعد أن أجرى لقاء مع مندوبي الحزبين، وتوصل معهم إلى واحد من خيارين؛ إما إعادة الفرز والرصد مرة أخرى أو إلغاء الانتخابات؛ فاختار الحزبان إعادة الفرز والرصد؛ وفقا لوكالة أنباء الشرق الأوسط. وكان أنصار الحزبين قد قاموا بقطع طريق الإسماعيلية-القاهرة الصحراوي، الذي يقع به مقر فرز الأصوات بداخل المجمع التعليمي؛ احتجاجا على ما وصفوه بأخطاء في عملية رصد الأصوات، واتهام اللجنة العليا بتزوير نتائج الإسماعيلية، وقاموا بمنع القضاة والموظفين الإدرايين من مغادرة مقر فرز الأصوات، وهاجموا سيارات الشرطة التي كانت تنقل صناديق الأصوات عقب الانتهاء من فرزها إلى مقر محكمة الإسماعيلية الابتدائية، ومزقوا الإطارات، وحاصروا رجال الشرطة، وبعثروا أوراق التصويت. وكانت نتائح القوائم بالمحافظة قد أسفرت عن حصول حزب الحرية والعدالة على 82 ألفا و 110 أصوات؛ بينما حصل حزب النور على 66 ألفا و 500 صوت، وحصل حزب الوفد على 20 ألفا و 200 صوت، وحصلت الكتلة المصرية على 19 ألفا و 95 صوتا، وحصل حزب الوعي على 15 ألفا و 989 صوتا؛ بينما حصل حزب الوسط على 9 آلاف صوت، من قرابة 400 ألف صوت انتخابي. ولم تُعلن اللجنة العليا للانتخابات عن نتائج مقعدَي الفردى للفئات والعمال؛ بينما تشير التوقعات لحدوث إعادة على مقعد الفئات بين هشام الصولي -مرشح الإخوان المسلمين- وصلاح جريش -المرشح المستقل- وإعادة أخرى على مقعد العمال بين محمد الهواري -مرشح السلفيين- وعيسى زين العابدين، من فلول الحزب الوطني المنحل. ويشار إلى أن من يحق لهم الانتخاب بمحافظة الإسماعيلية يقاربون 696 ألف ناخب وناخبة.
