رصدت تقارير الجهاز المركزي للمحاسبات المخالفات التي إرتكبها، الدكتور محمد مرسي الرئيس المعزول، أثناء رئاسته للبلاد. وأعلن هشام جنينة، رئيس الجهاز المركزي للمحاسبات، عن موازنة الرئاسة خلال رئاسة, الدكتور محمد مرسي والتي قدرت ب 303 ملايين جنيه، مشيراً إلي أن دور مجلس النواب فى الرقابة كان متوقفًا، وذلك لعدم وجوده خلال تلك الفترة، وكان البديل النافذ له من خلال المنابر الإعلامية. وأضاف جنينة، في مؤتمر صحفي، أن هناك تقارير حفظت دون مبرر، مطالباً بضرورةأن نعلم نتائج التحقيقات التي طالت مسئولين حاليين وسابقين بأجهزة الدولة وضرورة تطبيق دولة القانون الذي قام بأعظم ثورتين أطاحوا بأنظمة فاسدة. وأشار الى أن الجهاز عندما فحص مرتب رئيس الجمهورية المعزول وجد مخالفة قانونية تتمثل في أن الراتب الأساسي 44 ألفًا يستند الى أساس قانوني سليم، أما باقي المصروفات تجاوزت القانون، وقال إن الرئيس المعزول أتى من خارج المؤسسة العسكرية، وسابقيه كانوا يتقاضوا مخصصات العسكريين. وقال إن هناك مخالفة تتعلق بالعاملين بالرئاسة فى فترة حكم الرئيس المعزول الذين ليس لديهم خبرات بالمخالفة للقانون، واكتشفنا أن عددا من المتعاقد معهم تم بالمخالفة للقانون وهناك شبهة مجاملة، وتقاضوا راتبين من جهة عملهم والرئاسة في آن واحد، بالمخالفة للقانون. كما أن تعيين أسعد الشيخة لم ترد ضمن الهيكل التظيمي لرئاسة الجمهورية بما يشكل مخالفة للقانون العاملين بالدولة، كما رصد الجهاز قيام إحدى السيدات بالعمل بالرئاسة خلال فترة رعاية طفل. وفيما يتعلق بالمخالفات المتعلقة بالرحلات و الانفاق عليها، قال: "من المعلوم أن تلك الأمور تخرج عن نطاق الجهاز وخاصة تحديد حجم المرافقين ويغلب عليها طابع أمني ، وأثير مسألة رحلة المعزول لطابا وتكلفتها 330 ألف دولار. وأضاف أن الكاتب وحيد حامد الجهاز بالمستندات، وبالفحص تبين أنها غير صحيحة وأن المبلغ الحقيقي كان 21 ألفًا و563 جنيه ومبلغ آخر 12 الفا و810 جنيهات بموجب شيك باسم أحمد نجل المعزول. وتبين أن ما أثيرغير دقيق، وهناك أمور أخرى تعلقت برحلة باكستان وروسيا ووجود طائرات كبيرة كبدت الموازنه العامة خسائر، ولاشأن للجهاز بها.
