أكد المهندس محمد الظواهرى زعيم تنظيم السلفية الجهادية، على رفضه لمشروع الدستور الجديد غير الدستوري والذي وصفه ب "العلماني " ،مؤكداً على وجود أربع دساتير تمت كتابتها فى مصر إسلامية وهى دستور الأزهر الشريف والدستور الذى كتبه د. مصطفى كمال وصفى وآخرين، ونحن نريد دستوراً إسلامياً سواء من الأزهر أو أى جهة المهم أن يوافق الشرع. ونفيّ الظواهري دعوته لتقسيم مصر، موضحاً أن كلامه تم تحريفه، مضيفا: "نحن نرفض الصدام مع أحد ولكن فى حالة الإصرار على مشروع الدستور العلمانى أدعو أن يكون هناك دستور إسلامى يعرض على المحافظات وكل محافظة تحتكم للدستور الذى تراه". وأوضح الظواهري الفرق بين الدستور العلمانى والدستور الإسلامى، في أن الدستور الإسلامى تكون السيادة فيه لله وأن تكون الشريعة الإسلامية مطبقة بشكل كامل بخلاف مشروع الدستور الذى فيه السيادة للشعب.